Zakład Biochemii Białek
PROFIL
Praca badawcza zespołu
W swoich badaniach koncentrujemy się na działaniu białek opiekuńczych. W szczególności, nasz zespół dąży do zrozumienia molekularnego mechanizmu współpracy między białkami opiekuńczymi zaangażowanymi w odzyskiwanie aktywnych białek z agregatów białkowych.
Rola białek opiekuńczych w utrzymywaniu prawidłowej struktury białek
Białka opiekuńcze są syntetyzowane w komórkach wszystkich znanych organizmów, w których odpowiadają za kontrolę jakości stanu innych białek, zarówno w warunkach fizjologicznych, jak i podczas stresu. Gdy wskutek zmiany sekwencji aminokwasów lub warunków zewnętrznych białka ulegają nieprawidłowemu zwinięciu (nie przyjmują prawidłowej struktury przestrzennej), białka opiekuńcze rozwijają „wadliwe” białko i pozwalają mu się zwinąć do prawidłowej struktury. Dzięki temu, białka uzyskują właściwą im strukturę przestrzenną, co jest niezbędne do tego, aby mogły pełnić swoje zadania w komórce. Białka opiekuńcze uczestniczą również w budowaniu kompleksów białkowych, nie wchodząc jednak w skład ich końcowej aktywnej struktury (stąd ich nazwa w języku angielskim molecular chaperones, czyli „molekularne przyzwoitki”), a także zapobiegają agregacji białek oraz uczestniczą w rozpuszczaniu agregatów białkowych i odzyskiwaniu z nich aktywnych białek. Jest to niezwykle istotna funkcja, ponieważ zagregowane białka mogą być toksyczne dla komórki. Na przykład, wiele dowodów wskazuje na to, że agregaty białkowe w neuronach prowadzą do chorób neurodegeneracyjnych (tak jak agregaty alfa-synukleiny w przypadku choroby Parkinsona).
Ryc. 1 Dezagregacja i ponowne fałdowanie białek uwięzionych w agregatach przez białka opiekuńcze. Współpraca między białkiem Hsp70, a jego pomocniczymi białkami opiekuńczymi JDP i Hsp110 (NEF) jest kluczowa na różnych etapach procesu odzyskiwania aktywnych białek z agregatów. Hsp110 i białka JDP klasy B stymulują wiązanie białek opiekuńczych do agregatu i wstępną modyfikację agregatu, natomiast klasa A JDP promuje zwijanie uwolnionych polipeptydów do struktury natywnej (Wyszkowski i wsp., 2022, Sztangierska i wsp, bioRxiv).
Kontrola procesu agregacji białek przez małe białka opiekuńcze
Ponadto próbujemy zrozumieć, w jaki sposób obecność małych białek szoku cieplnego (sHsp) w czasie agregacji białek zmienia strukturę powstających agregatów białkowych i ułatwia innym białkom opiekuńczym późniejszą efektywną reaktywację zagregowanych białek. Jeśli agregacja białek zachodzi w obecności sHsp, na pierwszym etapie procesu dezagregacji białka opiekuńcze (należące do rodziny Hsp70) usuwają sHsp z powierzchni agregatu, inicjując równocześnie rozwijanie białek wchodzących w jego skład. Częściowo rozwinięte białka ulegają, przy współudziale białek opiekuńczych należących do rodziny Hsp70 i Hsp100, całkowitemu rozwinięciu i uwolnieniu z agregatu. Umożliwia to zwinięcie białek do prawidłowej struktury. Wielokrotne powtarzanie tego procesu prowadzi do całkowitego rozpuszczenia agregatu i odzyskania puli aktywnych białek. Obecnie, prace zespołu skupiają się na zbadaniu różnic w funkcjonowaniu systemu małych białek opiekuńczych składających się z jednego i z dwóch sHsp.
Badania te mogą przyczynić się do lepszego zrozumienia odpowiedzi organizmu na stres komórkowy, molekularnych podstaw starzenia, któremu towarzyszy osłabienie działania systemu białek opiekuńczych oraz mechanizmów leżących u podstaw zaburzeń neurodegeneracyjnych, takich jak choroby Parkinsona i Alzheimera, które stanowią ogromne wyzwanie medyczne, społeczne i ekonomiczne.
Współpraca między białkami opiekuńczymi Hsp70 i Hsp100
Wykorzystując oczyszczone białka opiekuńcze i monitorując w czasie rzeczywistym proces rozpuszczania agregatów białkowych, badamy, w jaki sposób białka należące do rodziny Hsp70 współdziałają z dezagregazami Hsp100 oraz z pomocniczymi białkami opiekuńczymi należącymi do rodzin JDP i Hsp110. Odkrycie funkcjonalnych różnic pomiędzy białkami JDP klasy A i B w procesie odzyskiwania białek z agregatów przybliża nas do wyjaśnienia obserwowanego od wielu lat przez biologów molekularnych fenomenu, że białka z rodziny Hsp70 mogą pełnić różne funkcje w zależności od oddziałujących z nimi pomocniczych białek opiekuńczych. Obecnie, staramy się zrozumieć, jak wzajemne zależności między pomocniczymi białkami opiekuńczymi JDP i Hsp110 wpływają na proces odzyskiwania białek z agregatów.
Ryc. 2 Wpływ małych białek szoku cieplnego (sHsp) na process agregacji. Pod wpływem wzrostu temperatury, oligomery sHsps dysocjują do form dimerycznych, który oddziałując z denaturującym białkiem, tworzą kompleksy sHsp-substrat, co ułatwia późniejszą reaktywację zagregowanych białek przez białka opiekuńcze Hsp70 i Hsp100 (Żwirowski i wsp. 2017, Piróg i wsp., 2021, Karaś i wsp., 2023).
Więcej informacji:
ZESPÓŁ
Zakład Biochemii Białek
Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed
ul. Abrahama 58, 80-307 Gdańsk
Sekretariat - Stanisława Urbańska
Tel.:+48 58 523 6421
Kierownik: Prof. dr hab. Krzysztof Liberek [link]
tel.: +48 58 523 6346 e-mail: krzysztof.liberek@ug.edu.pl
Pracownicy:
dr Agnieszka Kłosowska [link]
tel.: +48 58 523 6359 e-mail: agnieszka.klosowska@ug.edu.pl, p. 206
dr hab. Szymon Ziętkiewicz [link]
tel.: +48 58 523 6351 e-mail: szymon.zietkiewicz@biotech.ug.edu.pl, p. 207 B
dr Maria Pokornowska [link]
tel: 58 523 6359 email: maria.pokornowska@ug.edu.pl, p. 217
Doktoranci:
mgr Hubert Wyszkowski
tel: 58 523 6359 email: hubert.wyszkowski@phdstud.ug.edu.pl, p. 217
mgr Wiktoria Sztangierska
tel: 58 523 6359 email: wiktoria.sztangierska@phdstud.ug.edu.pl, p. 217
mgr Klaudia Kochanowicz
tel: 58 523 6359 email: klaudia.kochanowicz@phdstud.ug.edu.pl, p. 217
mgr Filip Kuś
tel: 58 523 6359 email: filip.kus@phdstud.ug.edu.pl, p. 217
mgr Dagmara Mróz
tel: 58 523 6359 e-mail: dagmara.mroz@phdstud.ug.edu.pl
Magistranci:
Agata Konieczna
Maciej Małolepszy
Gabriel Petelski
Victoria Wiernikouskaja
Mikołaj Rej
Byli Członkowie Zespołu:
dr Piotr Karaś
dr Artur Piróg
dr Agnieszka Morzywołek
dr Igor Obuchowski
dr Tomasz Chamera
dr Szymon Żwirowski
dr Dorota Pomorska
dr Elżbieta Chruściel
dr Krzysztof Gumowski
mgr Alicja Sobczak-Skrla
dr Natalia Lipińska
dr Joanna Stróżecka
dr Agnieszka Lewandowska
dr Łukasz Nowicki
dr Joanna Krzewska
dr Marlena Matuszewska
dr Ewa Morawiec
dr Wojciech Potocki
PUBLIKACJE
-
Marszałek Jarosław, de Los Rios Paolo, Cyr Douglas, Mayer Matthias P., Adupa Vasista, Andréasson Claes, Blatch Gregory L., Braun Janice E. A., Brodsky Jeffrey L., Bukau Bernd, Chapple J. Paul, Conz Charlotte, Dementin Sébastien, Genevaux Pierre, Genest Olivier, Goloubinoff Pierre, Gestwicki Jason, Hammond Colin M., Hines Justin K., Ishikawa Koji, Joachimiak Lukasz A., Kirstein Janine, Liberek Krzysztof, Mokranjac Dejana, Nillegoda Nadinath, Ramos Carlos H. I., Rebeaud Mathieu, Ron David, Rospert Sabine, Sahi Chandan, Shalgi Reut, Tomiczek Bartłomiej, Ushioda Ryo, Ustyantseva Elizaveta, Ye Yihong, Żylicz Maciej, Kampinga Harm H.. J-domain proteins: from molecular mechanisms to diseases. Cell Stress & Chaperones 2024, 29(1): 21-33 (doi: 10.1016/j.cstres.2023.12.002)
-
Krygier Magdalena, Ziętkiewicz Szymon, Talaśka-Liczbik Weronika, Chylińska Magdalena, Walczak Anna, Kostrzewa Grażyna, Płoski Rafał, Mazurkiewicz-Bełdzińska Maria. The epilepsy phenotype of KCNK4-related neurodevelopmental disease. Seizure-European Journal of Epilepsy 2024, 121: (doi: 10.1016/j.seizure.2024.08.008)
-
Kuś Filip, Smolenski Ryszard T., Tomczyk Marta. Chain-length dependent effects of inorganic polyphosphate on endothelial function and nucleotide pool. Nucleosides Nucleotides & Nucleic Acids 2024, (w druku) (doi: 10.1080/15257770.2024.2348742
-
Karaś Piotr, Kochanowicz Klaudia, Pitek Marcin, Domański Przemysław, Obuchowski Igor, Tomiczek Bartłomiej, Liberek Krzysztof. Evolution towards simplicity in bacterial small heat shock protein system. eLife 2023, 12: RP89813 (doi: 10.7554/eLife.89813)
-
Ecroyd Heath, Bartelt-Kirbach Britta, Ben-Zvi Anat, Bonavita Raffaella, Bushman Yevheniia, Casarotto Elena, Cecconi Ciro, Yu Lau Winston Chun , Hibshman Jonathan D., Joosten Joep, Kimonis Virginia, Klevit Rachel, Liberek Krzysztof, McMenimen Kathryn A., Miwa Tsukumi, Mogk Axel, Montepietra Daniele, Peters Carsten, Rocchetti Maria Teresa, Saman Dominik, Sisto Angela, Secco Valentina, Strauch Annika, Taguchi Hideki, Tanguay Morgan, Tedesco Barbara, Toth Melinda E., Wang Zihao, Benesch Justin L. P., Carra Serena. The beauty and complexity of the small heat shock proteins: a report on the proceedings of the fourth workshop on small heat shock proteins. Cell Stress & Chaperones 2023, 28(6): 621-629 (doi: 10.1007/s12192-023-01360-x)
-
Czarnogórski Michał Cezary, Sakowska Justyna, Maziewski Mateusz, Zieliński Maciej, Piekarska Agnieszka, Obuchowski Igor, Młyński Mikołaj, Dutka Magdalena, Sadowska-Klasa Alicja, Zarzycka Ewa, Bieniaszewska Maria, Trzonkowski Piotr, Witkowski Jacek Maciej, Hellmann Andrzej, Ruckemann-Dziurdzińska Katarzyna, Zaucha Jan M.. Ageing-resembling phenotype of long-term allogeneic hematopoietic cells recipients compared to their donors. Immunity & Ageing, 2022, 19(1): 51 (doi: 10.1186/s12979-022-00308-6)
-
Hua Sansan, Kłosowska Agnieszka, Rodrigues Joana I., Petelski Gabriel, Esquembre Lidia A., Lorentzon Emma, Olsen Lars F., Liberek Krzysztof, Tamás Markus J.. Differential contributions of the proteasome, autophagy, and chaperones to the clearance of arsenite-induced protein aggregates in yeast. Journal of Biological Chemistry 2022, 298(12): 102680 (doi: 10.1016/j.jbc.2022.102680)
-
Drovandi Stefania, Lipska-Ziętkiewicz Beata S., Ozaltin Fatih, Emma Francesco, Gulhan Bora, Boyer Olivia, Trautmann Agnes, Ziętkiewicz Szymon, Xu Hong, Shen Qian, Rao Jia, Riedhammer Korbinian M., Heemann Uwe, Hoefele Julia, Stenton Sarah L., Tsygin Alexey N., Ng Kar-Hui, Fomina Svitlana, Benetti Elisa, Aurelle Manon, Prikhodina Larisa, Schijvens Anne, Tabatabaeifar Mansoureh, Jankowski Maciej, Baiko Sergey, Mao Jianhua, Feng Chunyue, Deng Fang, Rousset-Rouviere Caroline, Stańczyk Małgorzata, Bałasz-Chmielewska Irena, Fila Marc, Durkan Anne M., Kersnik Levart Tanja, Dursun Ismail, Esfandiar Nasrin, Haas Dorothea, Bjerre Anna, Anarat Ali, Benz Marcus R., Talebi Saeed, Hooman Nakysa, Ariceta Gema, Schaefer Franz. Variation of the clinical spectrum and genotype-phenotype associations in Coenzyme Q10 deficiency associated glomerulopathy. Kidney International 2022, 102(3): 592-603 (doi: 10.1016/j.kint.2022.02.040)
-
Paprocka Justyna, Ziętkiewicz Szymon, Kosińska Joanna, Kaczorowska Ewa, Płoski Rafał. Case report: Lennox–Gastaut epileptic encephalopathy responsive to cannabidiol treatment associated with a novel de novo mosaic SHANK1 variant. Frontiers in Genetics 2021, 12: 735292 (doi: 10.3389/fgene.2021.735292)
-
Wyszkowski Hubert, Janta Anna, Sztangierska Wiktoria, Obuchowski Igor, Chamera Tomasz, Kłosowska Agnieszka, Liberek Krzysztof. Class-specific interactions between Sis1 J-domain protein and Hsp70 chaperone potentiate disaggregation of misfolded proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2021, 118(49): e2108163118 (doi: 10.1073/pnas.2108163118)
-
Wortmann Saskia B., Ziętkiewicz Szymon, Guerrero-Castillo Sergio, Feichtinger René G., Wagner Matias, Russell Jacqui, Ellaway Carolyn, Mróz Dagmara, Wyszkowski Hubert, Weis Denisa, Hannibal Iris, von Stülpnagel Celina, Cabrera-Orefice Alfredo, Lichter-Konecki Uta, Gaesser Jenna, Windreich Randy, Myers Kasiani C., Lorsbach Robert, Dale Russell C., Gersting Søren, Prada Carlos E., Christodoulou John, Wolf Nicole I., Venselaar Hanka, Mayr Johannes A., Wevers Ron A.. Neutropenia and intellectual disability are hallmarks of biallelic and de novo CLPB deficiency. Genetics in Medicine 2021, 23(9): 1705-1714 (doi: 10.1038/s41436-021-01194-x)
-
Piróg Artur, Cantini Francesca, Nierzwicki Łukasz, Obuchowski Igor, Tomiczek Bartłomiej, Czub Jacek, Liberek Krzysztof. Two Bacterial Small Heat Shock Proteins, IbpA and IbpB, Form a Functional Heterodimer. Journal of Molecular Biology 2021, 433: 167054 (doi: 10.1016/j.jmb.2021.167054)
-
Obuchowski Igor, Karaś Piotr, Liberek Krzysztof. The Small Ones Matter—sHsps in the Bacterial Chaperone Network. Frontiers In Molecular Biosciences 2021, 8: 666893 (doi: 10.3389/fmolb.2021.666893)
-
Obuchowski Igor, Liberek Krzysztof. Small but mighty: a functional look at bacterial sHSPs. Cell Stress & Chaperones 2020, 25(4): 593-600 (doi: 10.1007/s12192-020-01094-0)
-
Dosekova Petra,Dubiel Andrzej, Karłowicz Anna, Ziętkiewicz Szymon, Rydzanicz Małgorzata, Habalova Viera, Pieńkowski Victor Murcia, Skirkova Miriam, Han Vladimir, Mosejova Alexandra, Gdovinova Zuzanna, Kaliszewska Magdalena, Tońska Katarzyna,Szymański Michał R., Skorvanek Matej, Płoski Rafał. Answer to Finsterer about "Multisystem presentation of a homozygous POLG2 variant". European Journal of Medical Genetics 2020, 63(5):103900 (doi: 10.1016/j.ejmg.2020.103900)
-
Mróz Dagmara, Wyszkowski Hubert, Szablewski Tomasz, Zawieracz Katarzyna, Dutkiewicz Rafał, Bury Katarzyna, B. Wortmann Saskia, Wevers Ron A., Ziętkiewicz Szymon. CLPB (caseinolytic peptidase B homolog), the first mitochondrial protein refoldase associated with human disease. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 2020, 1864 (4): 129512 (doi: 10.1016/j.bbagen.2020.129512)
-
Dosekova Petra, Dubiel Andrzej, Karłowicz Anna, Ziętkiewicz Szymon, Rydzanicz Małgorzata, Habalova Viera, Pieńkowski Victor Murcia, Skirkova Miriam, Han Vladimir, Mosejova Alexandra, Gdovinova Zuzanna, Kaliszewska Magdalena, Tońska Katarzyna, Szymański Michał R., Skorvanek Matej, Płoski Rafał. Whole exome sequencing identifies a homozygous POLG2 missense variantin an adult patient presenting with optic atrophy, movement disorders,premature ovarian failure and mitochondrial DNA depletion. European Journal of Medical Genetics 2020, 63(4): 103821 (10.1016/j.ejmg.2019.103821)
-
Obuchowski Igor, Piróg Artur, Stolarska Milena, Tomiczek Bartłomiej, Liberek Krzysztof. Duplicate divergence of two bacterial small heat shock proteins reduces the demand for Hsp70 in refolding of substrates. PLoS Genet 2019, 15(10): e1008479 (doi: 10.1371/journal.pgen.1008479)
-
Chamera Tomasz, Kłosowska Agnieszka, Janta Anna, Wyszkowski Hubert, Obuchowski Igor, Gumowski Krzysztof, Liberek Krzysztof. Selective Hsp70-Dependent Docking of Hsp104 to Protein Aggregates Protects the Cell from the Toxicity of the Disaggregase. Journal of Molecular Biology 2019, 431(11): 2180-2196 (doi: 10.1016/j.jmb.2019.04.014)
-
Carra Serena, Alberti Simon, Benesch Justin L. P., Boelens Wilbert, Buchner Johannes, Carver John A., Cecconi Ciro, Ecroyd Heath, Gusev Nikolai, Hightower Lawrence E., KlevitRachel E., Lee Hyun, Liberek Krzysztof, Lockwood Brent, Poletti Angelo, Timmerman Vincent, Toth Melinda E., Vierling Elizabeth, Wu Tangchun, Tanguay Robert M.. Small heat shock proteins: multifaceted proteins with important implications for life. Cell Stress & Chapereones 2019, 24 (2): 295-308 (doi: 10.1007/s12192-019-00979-z)
-
Szymczak Marta, Ziętkiewicz Szymon, Kuncewicz Katarzyna, Rodziewicz-Motowidło Sylwia, Orlikowska Marta. Expression, purification, and efficient refolding of the extracellular domain of Escherichia coli-expressed signaling receptor herpesvirus entry mediator. Protein Expression and Purification 2019: 105450 (doi :10.1016/j.pep.2019.105450)
-
Jakubiuk-Tomaszuk Anna, Pienkowski Victor Murcia, Ziętkiewicz Szymon, Rydzanicz Malorzata, Kosinska Joanna, Stawinski Piotr, Szuminski Michal, Ploski Rafal. Syndromic chorioretinal coloboma associated with heterozygous de novo RARA mutation affecting an amino acid critical for retinoic acid interaction. Clinical Genetics 2019, 96(4): 371-375 (DOI: 10.1111/cge.13611)
-
Kampinga Harm H. Andreasson Claes, Barducci Alessandro, Cheetham Michael E., Cyr Douglas, Emanuelsson Cecilia, Genevaux Pierre, Gestwicki Jason E., Goloubinoff Pierre, Huerta-Cepas Jaime, Kirstein Janine, Liberek Krzysztof, Mayer Matthias P., Nagata Kazuhiro, Nillegoda Nadinath B.,Pulido Pablo; Ramos Carlos; De los Rios Paolo; Rospert Sabine, Rosenzweig Rina, Sahi Chandan, Taipale Mikko, Tomiczek Bratlomiej, Ushioda Ryo, Young Jason C., Zimmermann Richard, Zylicz Alicja, Zylicz Maciej, Craig Elizabeth A., Marszałek Jarosław. Function, evolution, and structure of J-domain proteins. Cell Stress & Chaperones 2019, 24(1): 7-15 (doi: 10.1007/s12192-018-0948-4)
-
Lipska-Zietkiewicz Beata S, Gellermann Jutta, Boyer Olivia, Gribouval Olivier, Zietkiewicz Szymon, Kari Jameela A, Shalaby Mohamed A, Ozaltin Fatih, Dusek Jiri, Melk Anette, Bayazit Aysun K, Massella Laura, Hyla-Klekot Lidia, Habbig Sandra, Godron Astrid, Szczepanska Maria, Bienias Beata, Drozdz Dorota, Odeh Rasha, Jarmuzek Wioletta, Zachwieja Katarzyna, Trautmann Agnes, Antignac Corinne, Schaefer Franz. Low renal but high extrarenal phenotype variability in Schimke immuno-osseous dysplasia PlosOne 2017, 12(8) e0180926 (doi: 10.1371/journal.pone.0180926)
-
Carra Serena, Alberti Simon, Arrigo Patrick A., Benesch Justin L., Benjamin Ivor J., Boelens Wilbert, Bartelt-Kirbach Britta, Brundel Bianca J. J. M., Buchner Johannes, Bukau Bernd, Carver John A., Ecroyd Heath, Emanuelsson Cecilia, Finet Stephanie, Golenhofen Nikola, Goloubinoff Pierre, Gusev Nikolai, Haslbeck Martin, Hightower Lawrence E., Kampinga Harm H., Klevit Rachel E., Liberek Krzysztof, Mchaourab Hassane S., McMenimen Kathryn A., Poletti Angelo, Quinlan Roy, Strelkov Sergei V., Toth Melinda E., Vierling Elizabeth, Tanguay Robert M. The growing world of small heat shock proteins: from structure to functions. Cell Stress & Chaperons 2017 22(4): 601-611 (doi: 10.1007/s12192-017-0787-8)
-
Żwirowski Szymon, Kłosowska Agnieszka, Obuchowski Igor, Nillegoda Nadinath B, Piróg Artur, Ziętkiewicz Szymon, Bukau Bernd, Mogk Axel, Liberek Krzysztof. Hsp70 displaces small heat shock proteins from aggregates to initiate protein refolding. The EMBO Journal 2017, 36: 783-796 (doi: 10.15252/embj.201593378)
-
Kłosowska Agnieszka, Chamera Tomasz, Liberek Krzysztof. Adenosine diphosphate restricts the protein remodeling activity of Hsp104 chaperone to Hsp70 assisted disaggregation. eLIFE 2016, (doi: 10.7554/eLife.1515)
-
Wortmann Saskia B., Ziętkiewicz Szymon, Kousi Maria, Szklarczyk Radek, Haack Tobias B., Gersting Søren W., Muntau Ania C., Rakovic Aleksandar, Renkema G. Herma, Rodenburg Richard J., Strom Tim M., Meitinger Thomas, Rubio-Gozalbo M. Estela, Chruściel Elżbieta, Distelmaier Felix, Golzio Christelle, Jansen Joop H., van Karnebeek Clara, Lillquist Yolanda, Lücke Thomas, Õunap Katrin, Zordania Riina, Yaplito-Lee Joy, van Bokhoven Hans, Spelbrink Johannes N., Vaz Frédéric M., Pras-Raves Mia, Ploski Rafał, Pronicka Ewa, Klein Christine, Willemsen Michel A. A. P., de Brouwer Arjan P. M., Prokisch Holger, Katsanis Nicholas, Wevers Ron A. CLPB Mutations Cause 3-Methylglutaconic Aciduria, Progressive Brain Atrophy, Intellectual Disability, Congenital Neutropenia, Cataracts, Movement Disorder. American Journal of Human Genetics 2015, 96(2): 245-257 (doi: 10.1016/j.ajhg.2014.12.013).
-
Czajkowski Robert, Ozymko Zofia, Żwirowski Szymon, Łojkowska Ewa. Complete genome sequence of a broad-host-range lytic Dickeya spp. bacteriophage φ{symbol}D5. Archives of Virology 2014, 159(11): 3153-3155 (doi: 10.1007/s00705-014-2170-8).
-
Lenartowski Robert, Suwińska Anna, Prusińska Justyna, Gumowski Krzysztof, Lenartowska Marta. Molecular cloning and transcriptional activity of a new Petunia calreticulin gene involved in pistil transmitting tract maturation, progamic phase, and double fertilization. Planta 2014, 239(2): 696-703 (doi: 10.1007/s00425-013-1971-4).
-
Lipińska Natalia, Ziętkiewicz Szymon, Sobczak Alicja, Jurczyk Agnieszka, Potocki Wojciech, Morawiec Ewa, Wawrzycka Aleksandra, Gumowski Krzysztof, Ślusarz Magdalena, Rodziewicz-Motowidło Sylwia, Chruściel Elżbieta, Liberek Krzysztof. Disruption of Ionic Interactions between the Nucleotide Binding Domain 1 (NBD1) and Middle (M) Domain in Hsp100 Disaggregase Unleashes Toxic Hyperactivity and Partial Independence from Hsp70. Journal of Biological Chemistry 2013, 288(4): 2857-2869 DOI:10.1074/jbc.M112.387589
-
Nowicki Łukasz, Leźnicki Paweł, Morawiec Ewa, Litwińczuk Natalia, Liberek Krzysztof. Role of a conserved aspartic acid in nucleotide binding domain 1 (NBD1) of Hsp100 chaperones in their activities. Cell stress & chaperones 2012, 17(3): 361-373 DOI:10.1007/s12192-011-0312-4
-
Stróżecka Joanna, Chruściel Elzbieta, Górna Emilia, Szymańska Aneta, Ziętkiewicz Szymon, Liberek Krzysztof. Importance of N- and C-terminal Regions of IbpA, Escherichia coli small heat shock protein, for chaperone function and oligomerization. Journal of Biological Chemistry 2012, 287(4): 2843-2853 DOI:10.1074/jbc.M111.273847
-
Ratajczak Elżbieta, Stróżecka Joanna, Matuszewska Marlena, Ziętkiewicz Szymon, Kuczyńska-Wiśnik Dorota, Laskowska Ewa, Liberek Krzysztof. IbpA the small heat shock protein from Escherichia coli forms fibrils in the absence of its cochaperone IbpB. FEBS Letters 2010, 584(11): 2253-2257 DOI:10.1016/j.febslet.2010.04.060
-
Ziętkiewicz Szymon, Liberek Krzysztof. Dispose to the pole-protein aggregation control in bacteria. EMBO Journal 2010, 29(5): 869-870 DOI:10.1038/emboj.2010.12
-
Ziętkiewicz Szymon, Ślusarz Magdalena J., Ślusarz Rafał, Liberek Krzysztof, Rodziewicz-Motowidło Sylwia. Conformational stability of the full-atom hexameric model of the ClpB chaperone from Escherichia coli. Biopolymers 2010, 93(1): 47-60 DOI:10.1002/bip.21294
-
Lipska B.S., Drożyńska E., Scaruffi P., Tonini G.P., Iżycka-Świeszewska E., Ziętkiewicz S., Balcerska A., Perek D., Chybicka A., Biernat W., Limon J. c.1810C > T Polymorphism of NTRK1 Gene is associated with reduced Survival in Neuroblastoma Patients. BMC Cancer 2009, 9: art no: 439
-
Matuszewska E., Kwiatkowska J., Ratajczak E., Kuczyńska-Wiśnik D., Laskowska E. Non-reducing sugar levels in beech (Fagus sylvatica) seeds as related to withstanding desiccation and storage. Acta Biochimica Polonica 2009, 56(1): 55-61
-
Ratajczak E., Ziętkiewicz S., Liberek K. Distinct activities of Escherichia coli small heat shock proteins IbpA and IbpB promote efficient protein disaggregation. Journal of Molecular Biology 2009, 386(1): 178-189 DOI:10.1016/j.jmb.2008.12.009
-
Liberek Krzysztof, Lewandowska Agnieszka, Ziętkiewicz Szymon. Chaperones in control of protein disaggregation. EMBO Journal 2008, vol. 27, nr 2, 2008, s. 328-335, DOI:10.1038/sj.emboj.7601970
-
Ziętkiewicz Szymon, Lewandowska Agnieszka, Stocki Paweł, Liberek Krzysztof. Hsp70 chaperone machine remodels protein aggregates at the initial step of Hsp70-Hsp100-dependent disaggregation. Journal of Biological Chemistry 2006, vol. 281, nr 11, 2006, s. 7022-7029, DOI:10.1074/jbc.M507893200
-
Matuszewska Marlena, Kuczyńska-Wiśnik Dorota, Laskowska Ewa, Liberek Krzysztof. The small heat shock protein IbpA of Escherichia coli cooperates with IbpB in stabilization of thermally aggregated proteins in a disaggregation competent state. Journal of Biological Chemistry 2005, vol. 280, nr 13, 2005, s. 12292-12298, DOI:10.1074/jbc.m412706200
-
Ziętkiewicz Szymon, Krzewska Joanna, Liberek Krzysztof. Successive and synergistic action of the Hsp70 and Hsp100 chaperones in protein disaggregation. Journal of Biological Chemistry 2004, vol. 279, nr 43, 2004, s. 44376-44383, DOI:10.1074/jbc.M402405200
PROJEKTY NAUKOWO-BADAWCZE
Tytuł projektu | Kierownik projektu | Źródło finansowania | Kwota | Realizowany w latach |
---|---|---|---|---|
Hsp70 i pomocnicze białka opiekuńcze w odzyskiwaniu białek z agregatów | Liberek Krzysztof | NCN - OPUS 18 | 2 450 400,00 zł | 2020-2024 |
Dwubiałkowy system małych białek szoku termicznego jako pierwsza linia obrony w odpowiedzi na stres u Enterobacterales | Liberek Krzysztof | NCN - OPUS 17 | 2 131 200,00 zł | 2020-2023 |
Określenie właściwości biochemicznych oraz partnerów oddziaływań ludzkiego białka CLPB - jego znaczenie fizjologiczne oraz rola w patogenezie zespołu MEGCANN | Ziętkiewicz Szymon | NCN - Sonata Bis 5 | 659 960,00 zł | 2016-2020 |
Molekularne mechanizmy działania białek opiekuńczych w dezagregacji białek | Liberek Krzysztof | NCN - MAESTRO | 2 635 900,00 zł | 2013-2018 |
Analiza wewnętrznych molekularnych mechanizmów regulujących aktywność białka CLPA z bakterii Escherichia coli | Jurczyk Agnieszka | MNiSW - Diamentowy Grant | 200 000,00 zł | 2012-2016 |
Mechanizm działania białka Hsp104 w propagacji prionów i dezagregacji agregatów białek | Liberek Krzysztof | MNiSW - własny | 456 000,00 zł | 2010-2013 |
Rola białek opiekuńczych w funkcjonowaniu komórki | Liberek Krzysztof | FNP - TEAM | 2 448 000,00 zł | 2009-2013 |
Analiza strukturalna i funkcjonalna małych białek szoku termicznego IbpA oraz IbpB z bakterii Escherichia coli | Liberek Krzysztof | MNiSW - promotorski | 49 920,00 zł | 2010-2012 |
Mechanizm działania białek opiekuńczych w dezagregacji agregatów białkowych | Liberek Krzysztof | KBN - własny | 349 200,00 zł | 2006-2009 |
Mechanizm działania białek z rodziny Hsp 100 | Liberek Krzysztof | KBN - własny | 430 000,00 zł | 2003-2006 |
Rola białka Hsp104 i jego hormologów w termotolerancji | Liberek Krzysztof | KBN - własny | 327 800,00 zł | 1999-2002 |
Wynik rekrutacji do projektu NCN OPUS 18 OPUS 18 2019/35/B/NZ1/01475
Wynik rekrutacji do projektu NCN OPUS 18 OPUS 18 2019/35/B/NZ1/01475
Wynik rekrutacji do projektu NCN OPUS 17 2019/33/B/NZ1/00352
Wynik rekrutacji do projektu NCN OPUS 17 Stypendysty 2019/33/B/NZ1/00352
Wynik rekrutacji do projektu NCN OPUS 17 Naukowiec 2019/33/B/NZ1/00352
Wynik rekrutacji do projektu NCN OPUS 17 Post-doc 2019/33/B/NZ1/00352
Wynik rekrutacji do projektu NCN OPUS 18 Doktorant 2019/35/B/NZ1/01475
Wynik rekrutacji do projektu NCN OPUS 18 Stypendysta 2019/35/B/NZ1/01475
Wynik rekrutacji do projektu NCN OPUS 18 Stypendyści 2019/35/B/NZ1/01475
Wynik rekrutacji do projektu NCN OPUS 18 UMO-2019/35/B/NZ1/01475
NAGRODY I WYRÓŻNIENIA
Prof. dr hab. Krzysztof Liberek został w 2006 roku wybrany na członka Europejskiej Organizacji Biologii Molekularnej (EMBO). Jest promotorem 19 rozpraw doktorskich, których autorami są: Adam Błaszczak (1998), Joanna Krzewska (2001) – w roku 2002 laureatka stypendium START FNP, Ewa Sugajska (2002), Piotr Zabrocki (2002), Marlena Matuszewska (2005), Szymon Ziętkiewicz (2006), Agnieszka Lewandowska (2006), Elżbieta Ratajczak (2009), Joanna Stróżecka (2012), Natalia Lipińska (2013), Łukasz Nowicki (2014), Szymon Żwirowski (2016), Agnieszka Kłosowska (2017), Krzysztof Gumowski (2017), Artur Piróg (2019), Tomasz Chamera (2020), Igor Obuchowski (2021), Piotr Karaś (2024) i Hubert Wyszkowski (2024). Dr Agnieszka Kłosowska i dr Szymon Ziętkiewicz są laureatami Nagrody Premiera za rozprawę doktorską (2007, 2017). Ponadto, pracownicy zatrudnieni w Pracowni otrzymali trzy nagrody zespołowe Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za osiągnięcia naukowe (1994, 2003, 2007).
Imię i nazwisko | Nazwa nagrody | Przyznający | Rok |
---|---|---|---|
prof. Krzysztof Liberek | Nagroda Fundacji na rzecz Nauki Polskiej | FNP | 2023 |
mgr Hubert Wyszkowski | Nagroda PAN za najlepszą pracę twórczą | PAN | 2022 |
mgr Hubert Wyszkowski | Stypendium Start | FNP | 2022 |
dr Igor Obuchowski | Nagroda Miasta Gdańska dla Młodych Naukowców im. Jana Uphagena | Prezydent Miasta Gdańsk | 2022 |
dr Igor Obuchowski | Stypendium Start | FNP | 2020 |
dr Agnieszka Kłosowska | Stypendium Start | FNP | 2017 |
dr Agnieszka Kłosowska | Nagroda PAN za najlepszą pracę twórczą | PAN | 2017 |
dr Szymon Ziętkiewicz | Medal Komisji Edukacji Narodowej | MEN | 2012 |
prof. dr hab. Krzysztof Liberek | Sopocka Muza 2011 | Prezydent Miasta Sopotu | 2011 |
dr Szymon Ziętkiewicz | Nagroda Polskiego Towarzystwa Genetycznego za najlepszą pracę naukową opublikowaną w 2009 roku | Polskie Towarzystwo Genetyczne | 2010 |