Zakład Biologii Molekularnej

Badania prowadzone w Pracowni obejmują analizę molekularnych mechanizmów odpowiedzialnych za replikację DNA i stabilne utrzymywanie pozachromosomalnych elementów genetycznych. Prowadzone są projekty doświadczalne z wykorzystaniem eksperymentów in vivo na żywych kulturach bakterii, in vitro w układach doświadczalnych rekonstruowanych z oczyszczonych elementów oraz in silico z wykorzystaniem technik bioinformatycznych. Projekty koncentrują się na opisie mechanizmów, które umożliwiają replikację i utrzymywanie się plazmidowego DNA w komórkach różnych gatunków bakterii. Plazmid RK2, należący do grupy plazmidów o szerokim zakresie gospodarzy, nadaje oporność bakterii na szereg antybiotyków. Plazmid ten stabilnie utrzymuje się i może ulegać transferowi pomiędzy komórkami wielu gatunków bakterii, w tym groźnych patogenów roślin, zwierząt i człowieka. RK2 ulega również transferowi do komórek eukariotycznych. Główny wysiłek badawczy skierowany jest na określenie specyficznych właściwości plazmidu RK2 nadających mu charakter uniwersalnego wektora międzygatunkowego. Badany jest proces inicjacji replikacji plazmidu RK2, prowadzona jest charakterystyka bakteryjnych białek opiekuńczych oraz systemów proteolitycznych zaangażowanych w metabolizm plazmidowego DNA. Badany jest system programowanej śmierci komórki kodowany przez ten plazmid oraz wpływ białek opiekuńczych i proteolizy na procesy związane z rozdzielaniem kopii cząstek plazmidowych. Badania z wykorzystaniem tak unikalnego systemu, który pozwala na analizę mechanizmów komórkowych w różnych organizmach, wnoszą istotny wkład w rozumienie fundamentalnych procesów takich jak replikacja DNA, proteoliza czy transfer DNA. Prowadzone badania stanowią podstawę do konstrukcji nowoczesnych narzędzi biotechnologicznych oraz rozwoju nowoczesnych terapii przeciw chorobom wywołanych infekcjami bakteryjnymi. Badania są finansowane z środków NCN, MNiSW, Howard Hughes Medical Institute (HHMI), Europejskiej Organizacji Biologii Molekularnej (EMBO) oraz Fundacji na rzecz Nauki Polskiej (FNP).

Zakład Biologii Molekularnej

Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed
ul. Abrahama 58, 80-307 Gdańsk

Sekretariat - Stanisława Urbańska
Tel.:+48 58 523 6421 [email], p. 202

Kierownik: prof. dr hab. Igor Konieczny [link]
tel. +48 58 523 6365 [e-mail]

Lista pracowników:

dr hab. Katarzyna Węgrzyn [link]
tel. +48 58 523 6325 [e-mail], p. 218
dr Katarzyna Bury [link]
tel. +48 58 523 6325 [e-mail], p. 207A

Doktoranci:

mgr Weronika Chmura
tel: 58 523 6325 [email], p. 218
mgr Zuzanna Hirsz
tel: 58 523 6325 [email], p. 218
mgr Monika Oliwa
tel: 58 523 6325 [email]
mgr inż. Magdalena Sroka
tel: 58 523 6325 [e-mail], p. 218
mgr Ewelina Wysocka
tel. +48 58 523 6325 [e-mail], p. 218

1. Orlikowska Marta, Wyciszkiewicz Aleksandra, Węgrzyn Katarzyna, Mehringer Johannes, de Souza Paiva Daisylea, Jurczak Przemysław. Methods for monitoring protein-membrane binding. Comparison based on the interactions between amyloidogenic protein human cystatin C and phospholipid liposomes. International Journal of Biological Macromolecules 2024, 278(3): 134889 (doi: 10.1016/j.ijbiomac.2024.134889)

2. Gołuński Grzegorz, Konkel Kinga, Galikowska-Bogut Barbara, Bełdzińska Patrycja, Bury Katarzyna, Zakrzewski Marcin, Butowska Kamila, Sądej Rafał, Piosik Jacek. Infuence of silver nanoparticles’ size on their direct interactions with doxorubicin and its biological effects. Scientific Reports 2024, 14: 18544 (doi: 10.1038/s41598-024-69724-6)

3. Ridgway Harry, Moore Graham J., Gadanec Laura Kate, Zulli Anthony, Apostolopoulos Vasso, Hoffmann Weronika, Węgrzyn Katarzyna, Vassilaki Niki, Mpekoulis George, Zouridakis Marios, Giastas Petros, Vidali Veroniki P., Kelaidonis Konstantinos, Matsoukas Minos-Timotheos, Dimitriou Marios, Mavromoustakos Thomas, Tsiodras Sotirios, Gorgoulis Vasilis G., Karakasiliotis Ioannis, Chasapis Christos T., Matsoukas John M. Novel benzimidazole angiotensin receptor blockers with anti-SARS-CoV-2 activity equipotent to that of nirmatrelvir: computational and enzymatic studies. Expert Opinion on Therapeutic Targets 2024, (w druku) (doi: 10.1080/14728222.2024.2362675)

4. Kocikowski Mikołaj, Dziubek Katarzyna, Węgrzyn Katarzyna, Hrabal Václav, Zavadil-Kokas Filip, Vojtesek Borivoj, Alfaro Javier Antonio, Hupp Theodore, Parys Maciej. Comparative characterization of two monoclonal antibodies targeting canine PD-1. Frontiers in Immunology 2024, 15: 1382576 (doi: 10.3389/fimmu.2024.1382576)

5. Bojko Magdalena, Węgrzyn Katarzyna, Sikorska Emilia, Ciura Piotr, Battin Claire, Steinberger Peter, Magiera-Mularz Katarzyna, Dubin Grzegorz, Kulesza Adam, Sieradzan Adam, Spodzieja Marta, Rodziewicz-Motowidło Sylwia. Peptide-based inhibitors targeting the PD-1/PD-L1 axis: potential immunotherapeutics for cancer. Translational Oncology 2024, 42: 101892 (doi: 10.1016/j.tranon.2024.101892)

6. Węgrzyn Katarzyna, Konieczny Igor. Toward an understanding of the DNA replication initiation in bacteria. Frontiers in Microbiology 2024, 14: 1328842 (doi: 10.3389/fmicb.2023.1328842)

7. Borowicz Marcin, Krzyżanowska Dorota, Narajczyk Magdalena., Sobolweska Marta, Rajewska Magdalena, Czaplewska Paulina, Węgrzyn Katarzyna, Czajkowski Robert. Soft rot pathogen Dickeya dadantii 3937 produces tailocins resembling the tails of Peduovirus P2. Frontiers in Microbiology 2023, 14 (doi: 10.3389/fmicb.2023.1307349)

8. Brankiewicz Wioletta, Kalathiya Umesh, Padariya Monikaben, Węgrzyn Katarzyna, Prusinowski Maciej, Żebrowska Joanna, Żylicz-Stachula Agnieszka, Skowron Piotr, Drab Marek, Szajewski Mariusz, Ciesielski Maciej, Gawrońska Małgorzata, Kallingal Anoop, Makowski Mariusz, Bagiński Maciej. Modified peptide molecules as potential modulators of shelterin protein functions; TRF1. Chemistry-A European Journal 2023, 29(55): e202300970 (doi: 10.1002/chem.202300970)

9. Węgrzyn Katarzyna, Oliwa Monika, Nowacka Marzena, Zabrocka Elżbieta, Bury Katarzyna, Purzycki Piotr, Czaplewska Paulina, Pipka Justyna, Giraldo Rafael, Konieczny Igor. Rep protein accommodates together dsDNA and ssDNA which enables a loop-back mechanism to plasmid DNA replication initiation. Nucleic Acids Research 2023, 51(19): 10551-10567 (doi: 10.1093/nar/gkad740)

10. Kuncewicz Katarzyna, Bojko Magdalena, Battin Claire, Karczyńska Agnieszka, Sieradzan Adam, Sikorska Emilia, Węgrzyn Katarzyna, Wojciechowicz Karolina, Wardowska Anna, Steinberger Peter, Rodziewicz-Motowidło Sylwia, Spodzieja Marta. BTLA-derived peptides as inhibitors of BTLA/HVEM complex formation – design, synthesis and biological evaluation. Biomedicine & Pharmacotherapy 2023, 165: 115161 (doi: 10.1016/j.biopha.2023.115161)

11. Kelaidonis Konstantinos, Ligielli Irene, Letsios Spiros, Vidali Veroniki, Mavromoustakos Thomas, Vassilaki Niki, Moore Graham, Hoffmann Weronika, Węgrzyn Katarzyna, Ridgway Harry, Chasapis Christos, Matsoukas John. Computational and enzymatic studies of sartans in SARS-CoV-2 spike RBD-ACE2 binding: the role of tetrazole and perspectives as antihypertensive and COVID-19 therapeutics. International Journal of Molecular Sciences 2023, 24(9): 8454 (doi: 10.3390/ijms24098454)

12. Machón Cristina, Ruiz-Masó José A., Amodio Juliana, Boer D. Roeland, Bordanaba-Ruiseco Lorena, Bury Katarzyna, Konieczny Igor, del Solar Gloria, Coll Miquel. Structures of pMV158 replication initiator RepB with and without DNA reveal a flexible dual-function protein. Nucleic Acids Research 2023, 51(3): 1458-1472 (doi: 10.1093/nar/gkac1271)

13. Rybicka Magda, Czaplewska Paulina, Rzymowska Jolanta, Weronika Sofińska-Chmiel, Wójcik-Mieszawska Sylwia, Lewtak Kinga, Węgrzyn Katarzyna, Jurczak Przemysław, Szpiech Agata, Nowak Jakub, Musiał Natalia, Fiołka Marta J.. Novel Venetin-1 nanoparticle from earthworm coelomic fluid as a promising agent for the treatment of non-small cell lung cancer. Scientific Reports 2022, 12(1): 18497 (doi: 10.1038/s41598-022-21665-8)

14. Bojko Magdalena, Węgrzyn Katarzyna, Sikorska Emilia, Kocikowski Mikołaj, Parys Maciej, Battin Claire, Steinberger Peter, Kogut Małgorzata, Winnicki Michał, Sieradzan Adam, Spodzieja Marta, Rodziewicz-Motowidło Sylwia. Design, synthesis and biological evaluation of PD-1 derived peptides as inhibitors of PD-1/PD-L1 complex formation for cancer therapy. Bioorganic Chemistry 2022, 128: 106047 (doi: 10.1016/j.bioorg.2022.106047)

15. Kadziński Leszek, Łyżeń Robert, Bury Katarzyna, Banecki Bogdan. Modeling and optimization of β-galactosidase entrapping in polydimethylsiloxane-modified silica composites. International Journal of Molecular Sciences 2022, 23(10): 5395 (doi: 10.3390/ijms23105395)

16. Kuncewicz Katarzyna, Battin Claire, Węgrzyn Katarzyna, Sieradzan Adam, Wardowska Anna, Sikorska Emilia, Giedrojć Irma, Smardz Pamela, Pikuła Michał, Steinberger Peter, Rodziewicz-Motowidło Sylwia, Spodzieja Marta. Targeting the HVEM protein using a fragment of glycoprotein D to inhibit formation of the BTLA/HVEM complex. Bioorganic Chemistry 2022, 122: 105748 (doi: 10.1016/j.bioorg.2022.105748)

17. Węgrzyn Katarzyna, Konieczny Igor. Archaeal Orc1 protein interacts with T-rich single-stranded DNA. BMC Research Notes 2021, 14(1): 275 (doi: 10.1186/s13104-021-05690-w)

18. Kołodziej-Sobocińska Marta, Trojanowski Damian, Bury Katarzyna, Hołówka Joanna, Matysik Weronika, Kąkolewska Hanna, Feddersen Helge, Giacomelli Giacomo, Konieczny Igor, Bramkamp Marc, Zakrzewska-Czerwińska Jolanta. Lsr2, a nucleoidassociated protein influencing mycobacterial cell cycle. Scientific Reports 2021, 11(1): 1-12 (doi: 10.1038/s41598-021-82295-0)

19. Kołodziej-Sobocińska Marta, Łebkowski Tomasz, Płociński Przemysław, Hołówka Joanna, Paściak Mariola, Wojtaś Bartosz, Bury Katarzyna, Konieczny Igor, Dziadek Jarosław, Zakrzewska-Czerwińska Jolanta. Lsr2 and its novel paralogue mediate the adjustment of Mycobacterium smegmatis to unfavorable environmental conditions. mSphere 2021, 6(3): 1-18 (doi: 10.1128/msphere.00290-21)

20. Węgrzyn Katarzyna, Zabrocka Elżbieta, Bury Katarzyna, Tomiczek Bartłomiej, Wieczór Miłosz, Czub Jacek, Uciechowska-Kaczmarzyk Urszula, Moreno-del Alamo Maria, Walkow Urszula, Grochowina Igor, Dutkiewicz Rafał, Bujnicki Janusz M., Giraldo Rafael, Konieczny Igor. Defining a novel domain that provides an essential contribution to site-specific interaction of Rep protein with DNA. Nucleic Acids Research 2021, 49(6): 3394-3408 (doi: 10.1093/nar/gkab113)

21. Romanowska Anita, Węgrzyn Katarzyna, Bury Katarzyna, Sikorska Emilia, Gnatek Aleksandra, Piwkowska Agnieszka, Konieczny Igor, Lesner Adam, Wysocka Magdalena. Novel cell permeable polymers of N-substituted L-2,3-diaminopropionic acid (DAPEGs) and cellular consequences of their interactions with nucleic acids. International Journal Of Molecular Sciences 2021, 22(5): 2571 (doi: 10.3390/ijms22052571)

22. Ropelewska Małgorzata, Gross Marta H., Konieczny Igor. DNA and Polyphosphate in Directed Proteolysis for DNA Replication Control. Frontiers in Microbiology 2020, 11: 585717 (doi: 10.3389/fmicb.2020.585717)

23. Gross H. Marta, Konieczny Igor. Polyphosphate induces the proteolysis of ADP-bound fraction of initiator to inhibit DNA replication initiation upon stress in Escherichia coli. Nucleic Acids Research 2020, 48(10): 5457-5466 (doi: 10.1093/nar/gkaa217)

24. Mróz Dagmara, Wyszkowski Hubert, Szablewski Tomasz, Zawieracz Katarzyna, Dutkiewicz Rafał, Bury Katarzyna, Wortmann Saskia B., Wevers Ron A., Ziętkiewicz Szymon. CLPB (caseinolytic peptidase B homolog), the first mitochondrial protein refoldase associated with human disease. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 2020, 1864 (4): 129512 (doi: 10.1016/j.bbagen.2020.129512)

25. Spodzieja Marta, Kuncewicz Katarzyna, Sieradzan Adam, Karczyńska Agnieszka, Iwaszkiewicz Justyna, Cesson Valérie, Węgrzyn Katarzyna, Zhukov Igor, Maszota-Zieleniak Martyna, Michielin Olivier, Speiser Daniel E., Zoete Vincent, Derré Laurent, Rodziewicz-Motowidło Sylwia. Disulfide-Linked Peptides for Blocking BTLA/HVEM Binding. International Journal of Molecular Sciences 2020, 21(2): 636 (doi: 10.3390/ijms21020636)

26. Colizzi Vittorio, Mezzana Daniele, Ovseiko Pavel, V., Caiati Giovanni, Colonnello Claudia, Declich Andrea, Buchan Alastair M., Edmunds Laurel, Buzan Elena, Zerbini Luiz, Djilianov Dimitar, Schmidt Evanthia Kalpazidou, Bielawski Krzysztof, Elster Doris, Solvato Maria, Alcantara Luiz C., Jr., Minutolo Antonella, Potesta Marina, Bachiddu Elena, Milano Maria J., Henderson Lorna R., Kiparoglou Vasiliki, Friesen Phoebe, Sheehan Mark, Moyankova Daniela, Rusanov Krasimir, Wium Martha, Raszczyk Izabela, Konieczny Igor, Gwizdala Jerzy P., Sledzik Karol, Barendziak Tanja, Birkholz Julia, Mueller Nicklas, Warrelmann Juergen, Meyer Ute, Filser Juliane, Barreto Fernando Khouri, Montesano Carla. Structural Transformation to Attain Responsible BIOSciences (STARBIOS2): Protocol for a Horizon 2020 Funded European Multicenter Project to Promote Responsible Research and Innovation. JMIR Research Protocols 2019, 8 (3): e11745 (doi: 10.2196/11745)

27. Dubiel Andrzej, Węgrzyn Katarzyna, Kupiński Adam P., Konieczny Igor. ClpAP protease is a universal factor that activates the parDE toxin-antitoxin system from a broad host range RK2 plasmid. Scientific Reports 2018, 8: 15287 (doi: 10.1038/s41598-018-33726-y)

28. Bury Katarzyna, Węgrzyn Katarzyna, Konieczny Igor. Handcuffing reversal is facilitated by proteases and replication initiator monomers.  Nucleic Acids Research 2017, 45(7): 3953-3966 (doi: 10.1093/nar/gkx166)

29. Karłowicz Anna,  Węgrzyn Katarzyna, Gross Marta, Kaczyńska Dagmara, Ropelewska Małgorzata,  Siemiątkowska Małgorzata, Bujnicki Janusz, Konieczny Igor. Defining the Crucial Domain and Amino Acid Residues in Bacterial Lon Protease for DNA Binding and Processing of DNA-interacting Substrates Journal of Biological Chemistry 2017, 292: 7507-7518  (doi:10.1074/jbc.M116.766709)

30. Karłowicz Anna, Węgrzyn Katarzyna, Dubiel Andrzej, Ropelewska Małgorzata, Konieczny Igor. Proteolysis in plasmid DNA stable maintenance in bacterial cells. Plasmid 2016, 86: 7-13 (doi: 10.1016/j.plasmid.2016.05.002)

31. Węgrzyn Katarzyna E., Gross Marta, Uciechowska Urszula, Konieczny Igor. Replisome Assembly at Bacterial Chromosomes and Iteron Plasmids. Frontiers in Molecular Biosciences 2016, 3: 39 (doi: 10.3389/fmolb.2016.00039)

32. Yano Hirokazu, Wegrzyn Katarzyna, Loftie-Eaton Wesley, Johnson Jenny Deckert Gail E., Rogers Linda M., Konieczny Igor, Top Eva M. Evolved plasmid-host interactions reduce plasmid interference cost. Molecular Microbiology, 2016, 101(5): 743-756 (doi: 10.1111/mmi.13407)

33. Koper Tomasz, Polit Agnieszka, Sobiecka-Szkatula Anna, Węgrzyn Katarzyna, Scire Andrea, Figaj Donata, Kadziński Leszek, Zarzecka Urszula, Żurawa-Janicka Dorota, Banecki Bogdan, Lesner Adam, Tanfani Fabio, Lipińska Barbara, Skórko-Glonek Joanna. Analysis of the Link between the Redox State and Enzymatic Activity of the HtrA (DegP) Protein from Escherichia coli. PLoS ONE 2015, art. no e0117413 (1-24) (doi: 10.1371/journal.pone.0117413).

34. Wawrzycka Aleksandra, Gross Marta, Wasążnik Anna, Konieczny Igor. Plasmid replication initiator interactions with origin 13-mers and polymerase subunits contribute to strand-specific replisome assembly. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2015, 112(31): E4188-E4196 (doi: 10.1073/pnas.1504926112).

35. Lindgren Cecilia, Andersson Ida E., Berg Lotta, Dobritzsch Doreen, GeChangrong, Haag Sabrina, Uciechowska Urszula, Holmdahl Rikard, Kihlberg Jan, Linusson Anna. Hydroxyethylene isosteres introduced in type II collagen fragments substantially alter the structure and dynamics of class II MHC Aq /glycopeptide complexes. Organic & Biomolecular Chemistry 2015, 13(22): 6203-6216 (doi: 10.1039/c5ob00395d)

36. Konieczny Igor, Bury Katarzyna, Wawrzycka Aleksandra, Węgrzyn Katarzyna. Iteron plasmids. Microbiology Spectrum 2014, 2(6): art. no PLAS-0026-2014 (1-16) (doi: 10.1128/microbiolspec.PLAS-0026-2014).

37. Osbourne Devon O., Soo Valerie W. C., Konieczny Igor, Wooda Thomas K. Polyphosphate, cyclic AMP, guanosine tetraphosphate, and c-di-GMP reduce in vitro Lon activity. Bioengineered 2014, 5(4): 264-268 (doi: 10.4161/bioe.29261).

38. Węgrzyn Katarzyna, Fuentes-Perez Maria Eugenia, Bury Katarzyna, Rajewska Magdalena, Moreno-Herrero Fernando, Konieczny Igor. Sequence-specific interactions of Rep proteins with ssDNA in the AT-rich region of the plasmid replication origin. Nucleic Acids Research 2014, 42(12): 7807-7818 (doi: 10.1093/nar/gku453).

39. Zabrocka Elżbieta, Węgrzyn Katarzyna, Konieczny Igor. Two replication initiators - one mechanism for replication origin opening? Plasmid 2014, 76: 72-78 (doi: 10.1016/j.plasmid.2014.10.003).

40. Diago-Navarro Elizabeth, Hernandez-Arriaga Ana Maria, Kubik Sławomir, Konieczny Igor, Diaz-Orejas Ramon. Cleavage of the antitoxin of the parD toxin-antitoxin system is determined by the ClpAP protease and is modulated by the relative ratio of the toxin and the antitoxin. Plasmid 2013, 70(1): 78-85

41. Węgrzyn Katarzyna, Witosińska Monika, Schweiger Paweł, Bury Katarzyna, Jenal Urs, Konieczny Igor. RK2 plasmid dynamics in Caulobacter crescentus cells - two modes of DNA replication initiation. Microbiology-SGM 2013, 159(Pt 6): 1010-1022

42. Kubik Sławomir, Węgrzyn Katarzyna, Pierechod Marcin, Konieczny Igor. Opposing effects of DNA on proteolysis of a replication initiator. Nucleic Acids Research 2012, 40(3): 1148-1159

43. Rajewska Magdalena, Węgrzyn Katarzyna, Konieczny Igor. AT-rich region and repeated sequences - the essential elements of replication origins of bacterial replicons. FEMS Microbiology Reviews 2012, 36(2): 408-434

44. Szambowska Anna, Pierechod Marcin, Węgrzyn Grzegorz, Glinkowska Monika. Coupling of transcription and replication machineries in λ DNA replication initiation: evidence for direct interaction of Escherichia coli RNA polymerase and the λO protein. Nucleic Acids Research 2011, 39(1): 168-177

45. Kołatka Katarzyna, Kubik Sławomir, Rajewska Magdalena, Konieczny Igor. Replication and partitioning of the broad-host-range plasmid RK2. Plasmid 2010, 64(3): 119-134

46. Pierechod Marcin, Nowak Agnieszka, Saari Anna, Purta E., Bujnicki Janusz M., Konieczny I. Conformation of a plasmid replication initiator protein affects its proteolysis by ClpXP system. Protein Science 2009, 18(3): 637-649

W 2002 roku Zespół Biologii Molekularnej uzyskał nagrodę Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za cykl prac dotyczących molekularnych mechanizmów inicjacji replikacji DNA. Prof. Igor Konieczny jest laureatem nagrody EMBO Young Investigator Programme (2000) oraz nagrody Howard Hughes Medical Institute - Young Investigator (2002). W 2004 roku Prof. Igor Konieczny uzyskał Subsydium Profesorskie FNP. W 2006 roku publikacja zespołu `Positioning and the specific sequence of each 13-mer motif are critical for activity of the plasmid RK2 replication origin` (Molecular Microbiology 2006, 57 (5): 1439-1449) została wyróżniona przez Komitet Mikrobiologii PAN w konkursie na najlepszą pracę w dziedzinie mikrobiologii wykonaną w polskich laboratoriach. W tym samym konkursie w 2009 roku kolejna praca zespołu `Specific mutations within the AT-rich region of a plasmid replication origin either origin opening or helicase loading`, która ukazała się w czasopiśmie Proc Natl Acad Sci USA (2008, 105(32): 11134-11139) uzyskała nagrodę im. Prof. Kazimierza Bassalika. Publikację tę w tym samym roku wyróżniono w konkursie im. Prof. Parnasa organizowanym przez Polskie Towarzystwo Biochemiczne. Prof. Konieczny, jako reprezentant Polski, jest członkiem Komitetu Technicznego COST (Europejski Program Współpracy w Dziedzinie Badań Naukowo-Technicznych). Uczestniczy w pracach zespołów oceniających projekty badawcze finansowane przez MNiSW, FNP oraz EMBO. Prof. Igor Konieczny jest promotorem dziewięciu rozpraw doktorskich, których autorami byli: Alina Okniańska (2001), Marcin Pacek (2002) - w roku 2002 laureat programu START FNP, Łukasz Kowalczyk (2006), Marcin Pierechod (2008), Monika Witosinska (2008), Katarzyna Kołatka (2009), Katarzyna Zdanowicz (2009), Sławomir Kubik (2011), Magdalena Rajewska (2012) - laureatka stypendium START FNP i Nagrody Prezesa Rady Ministrów.

Projekty naukowe realizowane są we współpracy z krajowymi i zagranicznymi ośrodkami. Partnerzy w projektach to: Prof. Donald Helinski [Uniwersytet Kalifornijski w San Diego (UCSD)], Prof. Urs Jenal (Biocentrum Uniwersytet w Bazylei), Prof. Eva Top (Uniwersytet Idaho), Prof. Janusz Bujnicki (Międzynarodowy Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie), Prof. Fernando Moreno-Herrero (Centro National de Biotecnologia Madrid), Prof. Ramon Diaz and Prof. Rafael Giraldo (Centro de Investigaciones Biologicas Madrid).