Laboratorium spektrometrii mas | Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Laboratorium spektrometrii mas

Ostatnia modyfikacja: 
wtorek, 30 stycznia 2018 roku, 9:09

Laboratory of biologically active compounds

PROFIL

Laboratorium Spektrometrii Mas powołane zostało do pracy przy Międzyuczelnianym Wydziale Biotechnologii UG-GUMed w ramach projektu Mobi4Health (pełny tytuł projektu: CENTRE OF MOLECULAR BIOTECHNOLOGY FOR HEALTHY LIFE: Biotech solutions bringing health to living organisms and environment supported by mass spec-focused research platform). Głównym celem powstałej jednostki jest zwiększenie potencjału naukowego MWB skierowanego na zastosowanie spektrometrii mas w badaniach prowadzonych przez naukowców z naszego regionu jak i współpracowników. Laboratorium oferuje szeroki serwis usług, która obejmuje pomiar mas oraz identyfikację małych cząsteczek i białek, analizę MS próbek organicznych i nieorganicznych oraz szeroko rozumianą analizę „omiczną”. Lista oferowanych analiz jak i wyposażenia stale się powiększa, co związane jest z dynamicznym rozwojem naszego Laboratorium. Pracownicy Laboratorium stale się rozwijają poprzez dodatkowe szkolenia z zakresu spektrometrii mas, jak również poprzez prowadzenie własnych projektów badawczych. Z chęcią uczestniczymy również w projektach innych zespołów zarówno tych w trakcie realizacji jak i w projektach w fazie przygotowawczej. W ramach naszych usług prowadzimy również konsultacje dla osób prowadzących lub przygotowujących eksperymenty czy projekty grantowe z zastosowaniem spektrometrii mas.

Laboratorium wyposażone jest w trzy spektrometry mas firmy AB Sciex:

·         MALDI TOF/TOF 5800,

·         TripleTOF 5600+,

·         QTRAP 6500.

Niedawno wzbogaciliśmy się o najnowszy system CESI 8000 Plus (Sciex), który może pracować zarówno jako niezależny system elektroforezy kapilarnej jak i podłączony do spektrometru masowego w układzie CESI MS.

Spektrometry TripleTOF i QTRAP połączone są z systemami mikro LC 200 firmy Eksigent, co pozwala na prowadzenie analiz zarówno w systemie LCMS jak i w nastrzyku bezpośrednim. Zachęcamy do zapoznania się z dokładnym opisem wyposażenia, oprogramowania i ofertą Laboratorium na kolejnych stronach.

Laboratorium zlokalizowane jest na poziomie -1 w pokojach P17 w nowym budynku Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG-GUMed przy ulicy Abrahama 58 w Gdańsku.

 

 

The Mass Spectrometry Laboratory has been appointed at the Intercollegiate Faculty of Biotechnology of UG-MUG within the framework of the Mobi4Health project (full title of the project: CENTER OF MOLECULAR BIOTECHNOLOGY FOR HEALTHY LIFE: Biotech solutions bringing health to living organisms and environment supported by mass spec-focused research platform). The main focus of the Mass Spectrometry Laboratory is to increase the scientific potential of IFB UG-MUG directed to the use of mass spectrometry in research conducted by IFB scientists as well as our collaborators. The Laboratory offers a wide range of services, which includes mass measurement and identification of small molecules and proteins, MS analysis of organic and inorganic samples and a broadly understood “omic” analysis. The list of offered analyzes and equipment is constantly growing, which is a result of the dynamic development of our Laboratory. The Laboratory employees are constantly improving their skills through additional mass spectrometry training as well as conducting their own research projects. We are appreciate participation in projects of other teams, both during the implementation and projects in the preparatory phase. As part of our services, we also give consultations for persons conducting or planning experiments or grant proposals using mass spectrometry in collaboration with us.

The Laboratory is equipped with three AB Sciex mass spectrometers:

•         MALDI TOF/TOF 5800,

•         TripleTOF 5600+,

•         QTRAP 6500.

Recently, we have got the newest CESI 8000 Plus system, which can work either as a stand-alone capillary electrophoresis or as a coupled to mass spectrometer CESI MS system.

TripleTOF and QTRAP mass spectrometers are hyphenated with Eksigent microLC 200 systems, what enables conducting of both LCMS and direct injection analyses. We encourage you to get familiar with detailed description of the equipment, software and the Laboratory services offer on the following pages.

The laboratory is located on level -1 in rooms P17 in the new building of the IFB UG-MUG at 58 Abrahama Street in Gdańsk.

 

ZESPÓŁ

Laboratorium Spektrometrii Mas

Zespół Laboratoriów Specjalistycznych
Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed
Ul. Abrahama 58, 80-307 Gdańsk

Tel. +48 58 5236437

Lista pracowników:

Kierownik Laboratorium:

Dr Paulina Czaplewska
wew. biuro 6437, wew. lab. 6352
Email: e-mail gmail lub e-mail UG

Pracownicy:

Dr Katarzyna Macur
wew. biuro 6437, wew. lab. 6352
Email: e-mail

Mass Spectrometry Laboratory

Core Facility Laboratories
Intercollegiate Faculty of Biotechnology UG-MUG
58 Abrahama Street, 80-307 Gdańsk

Phone +48 58 5236437

List of employees:

Laboratory Head:

Paulina Czaplewska, PhD
intern. office 6437, intern. lab. 6352
Email: e-mail gmail lub e-mail UG

Employees:

Katarzyna Macur, PhD
intern. office 6437, intern. lab. 6352
Email: e-mail

APARATURA

MALDI TOF/TOF™ 5800 System

Spektrometr pracujący w jonizacji MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization), który daje możliwość analizy głównie białek, peptydów, ale również małych cząsteczek przy zastosowaniu odpowiednio dobranej matrycy. Pomiar masy z dużą dokładnością pozwala na zastosowanie spektrometru do potwierdzenia masy peptydów, całych białek (Intact Mass Spectrometry). Szybka i pewna identyfikacja białek po trawieniu w żelu możliwa jest dzięki zastosowaniu analizy widm fragmentacyjnych MS/MS w programie ProteinPilot - doskonałe rozwiązanie w przypadku analiz proteomicznych. Duża szybkość i czułość zastosowane w modelu 5800 tworzą idealną platformę do analizy biomarkerów, obrazowania typu MALDI oraz identyfikacji związków. Urządzenie może pracować w trybie liniowym jak i trybie z odbiciem, a także w trybie MS/MS. Szeroki zakres pomiarowy pozwala na pomiary masy od ok. 100 Da do ok. 200 kDa. Szczegółowy opis spektrometru znajduje się na stronie producenta:

http://www.absciex.com/products/mass-spectrometers/toftof-systems/ab-sciex-toftof-5800-system

1

MALDI TOF/TOF™ 5800 System

The SCIEX TOF/TOF™ 5800 System works in MALDI ionization technique (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization), which gives the opportunity to analyze mainly proteins, peptides, but also small molecules when using a properly selected matrix. It provides high accuracy mass measurements, which allows the use of the spectrometer to confirm the mass of peptides and whole proteins (Intact Mass Spectrometry). Fast and reliable protein identification after in-gel digestion is possible thanks to the MS/MS fragmentation spectral analysis in the ProteinPilot software - an excellent solution for proteomic analyses. The high speed and sensitivity used in the 5800 model makes it a perfect platform for biomarker analysis, MALDI imaging and compound identification. The TOF/TOF 5800 mass spectrometer can work in linear mode and reflector mode, as well as in MS/MS mode. The wide measuring range allows mass measurements from approx. 100 Da to approx. 200 kDa. A detailed description of the spectrometer can be found on the manufacturer's website:

https://sciex.com/products/mass-spectrometers/tof/tof-systems/tof/tof-5800-system

TripleTOF 5600+ System

TripleTOF 5600+ to innowacyjny, wysokorordzielczy system hybrydowy Q-TOF doskonały zarówno do analizy jakościowej białek, peptydów i małych cząsteczek, jak i do analizy ilościowej. Połączenie wysokiej rozdzielczości, czułości detekcji z szybką analizą próbki oraz stabilną kalibracją masy pozwala na zastosowanie tego modelu do wielu aplikacji: proteomika, metabolomika, analizy ilościowe, jakościowe, analizy w trybie MRM HR, IDA, sekwencjonowanie peptydów i białek, analizy typy SWATH.

https://sciex.com/products/mass-spectrometers/qtof-systems/tripletof-systems/tripletof-5600-system
2

TripleTOF 5600+ System

TripleTOF 5600+ is an innovative, high resolution hybrid Q-TOF system perfect for both qualitative and quantitative analysis of proteins, peptides and small molecules. The combination of high resolution and detection sensitivity with fast sample analysis and stable mass calibration allows the application of this model for many fields, such as proteomics, metabolomics, quantitative and qualitative analysis, MRM HR, IDA, peptide and protein sequencing, and SWATH analysis.

https://sciex.com/products/mass-spectrometers/qtof-systems/tripletof-systems/tripletof-5600-system

QTRAP® 6500 System

Spektrometr QTRAP 6500 wyposażony jest w potrójny kwadrupol, w którym drugi analizator może pracować zamiennie jako kwadrupol i pułapka jonowa. Charakteryzuje się więc dużą czułością i umożliwia pracę w trybach: Q1 MS, Q3 MS, Product Ion, Precursor Ion, Neutral Loss or Gain, MRM, EMS, EPI, ER, MS3, MRM3, TripleTrap Scanning. Doskonale nadaje się do celowanej identyfikacji białek i metabolitów i analizy ilościowej opartej o pracę w trybie MRM. Zapewnia doskonałą selektywność i szybkość pomiaru. W przypadku tego spektrometru możliwa jest rejestracja widm MS3 wykorzystywanych np. do analiz ilościowej. Dokładny opis sprzętu znaleźć można na stronie producenta:

https://sciex.com/products/mass-spectrometers/qtrap-systems/qtrap-6500-system

3

QTRAP® 6500 System

The QTRAP 6500 mass spectrometer is equipped with a triple quadrupole mass analyzer, in which the second analyzer can work interchangeably as a quadrupole and an ion trap. It is characterized by high sensitivity and enables work in: Q1 MS, Q3 MS, Product Ion, Precursor Ion, Neutral Loss or Gain, MRM, EMS, EPI, ER, MS3, MRM3 and TripleTrap Scanning mode. QTRAP 6500 is a perfect tool for targeted identification of proteins and metabolites and  quantitative analysis based on work in MRM mode. It provides excellent selectivity and measurement speed. With this spectrometer, it is possible to register MS3 spectra used, for example, for quantitative analysis. A detailed description of the equipment can be found on the manufacturer's website:

https://sciex.com/products/mass-spectrometers/qtrap-systems/qtrap-6500-system

Eksigent Micro LC 200

Systemy QTRAP 6500 i TripleTOF 6500+ połączone są z chromatografami cieczowymi micro LC 200, co pozwala na zastosowanie rozdzielenia chromatograficznego badanych próbek przed analizą technika spektrometrii mas. System jest kompatybilny z kolumnami firmy Eksigent. Przepływy fazy ruchomej zawierają się w zakresie od 5 do 50 µl/min.

Dokładny opis sprzętu znaleźć można na stronie producenta:

https://sciex.com/products/hplc-products/microlc-products

4

Eksigent Micro LC 200

The QTRAP 6500 and TripleTOF 6500+ systems are connected to micro LC 200 liquid chromatographs, which allows application of the chromatographic separation of the investigated samples prior to mass spectrometry analysis. The system is compatible with Eksigent microHPLC columns. The mobile phase flow rates are in the range of 5 to 50 μL / min.

A detailed description of the equipment can be found on the manufacturer's website:

https://sciex.com/products/hplc-products/microlc-products

CESI 8000 Plus

Najnowszy system elektroforezy kapilarnej łączy w sobie zalety CE z możliwością analizy rozdzielanych analitów z wykorzystaniem elektrorozpylania. W naszym Laboratorium system ten dedykowany jest do spektrometru TripleTOF 5600+. W takiej kombinacji doskonale nadaje się do zastosowania w proteomice, metabolomice, analityce chemicznej, glikomice, charakterystyce oddziaływań białkowych i identyfikacji modyfikacji białkowych.

Nasz instrument wyposażony jest w 4 filtry UV co pozwala na prowadzenie klasycznych analiz CE. Istnieje możliwość rozbudowy systemu o kolejne detektory takie jak np. LIF czy PDA.

Dokładny opis sprzętu znaleźć można na stronie producenta:

https://sciex.com/products/capillary-electrophoresis-instruments/cesi-8000-plus-esi-ms-high-performance-system

 

5

CESI 8000 Plus        

The latest capillary electrophoresis system combines the advantages of CE with the possibility of analyzing separated analytes using electrospray. In our Laboratory, this system is dedicated to the Triple TOF 5600+ spectrometer. In this combination, it is perfectly suitable for use in proteomics, metabolomics, chemical analysis, glycomics, characterization of protein interactions and identification of protein modifications.

Our instrument is equipped with 4 UV filters, which allows you to carry out classical CE analyses. It is possible to extend the system with further detectors such as LIF or PDA.

A detailed description of the equipment can be found on the manufacturer's website:

https://sciex.com/products/capillary-electrophoresis-instruments/cesi-8000-plus-esi-ms-high-performance-system

 

 

HPLC Prominence

Klasyczny zestaw analityczny pozwalający na prowadzenie analiz chromatograficznych. Dokładne informacje na stronie producenta:

http://www.shimadzu.com/an/hplc/prominence/lc20.html
6

HPLC Prominence

A classical analytical set that allows for chromatographic analyzes. Detailed information on the manufacturer's website:

http://www.shimadzu.com/an/hplc/prominence/lc20.html

 

OPROGRAMOWANIE

Krótka charakterystyka oprogramowania dostępnego w Laboratorium Spektrometrii Mas:

LipidView™ 1.2 Software

Oprogramowanie LipidView służy do zautomatyzowanego przetwarzania danych eksperymentalnych, otrzymanych w wyniku analiz ESI-MS/MS próbek lipidowych, na spektrometrach mas AB SCIEX QTRAP® lub TripleTOF®*. Usprawnia ono kompleksową charakterystykę jakościową lipidów, dzięki możliwości wykorzystania wbudowanych metod interpretacyjnych. Pozwala również na uzyskanie profili lipidowych, poprzez przeszukiwanie uzyskanych mas jonów macierzystych i fragmentacyjnych lipidów względem bazy danych. Ta lipidowa baza danych zawiera około 25 000 rekordów dla ponad 50 klas tych związków oraz listę ponad 600 ich charakterystycznych fragmentów. Ponadto, oprogramowanie LipidView™ umożliwia także ilościowe określenie zawartości lipidów obecnych w badanych próbkach, z wykorzystaniem wielu wzorców wewnętrznych. Raporty przedstawiane są w formie liczbowej lub graficznej, dla różnych rodzajów molekuł lipidowych i klas lipidów, kwasów tłuszczowych i sfingolipidów.

Chcesz wiedzieć więcej o LipidView™?
http://www.absciex.com/products/software/lipidview-software

*Możliwe jest również przetwarzanie danych uzyskanych na QSTAR® i wcześniejszych wersjach systemów AB SCIEX typu Triple Quad™.

1

LipidView™ 1.2 Software

LipidView™ Software is used for an automated processing of the data, acquired in the ESI-MS/MS analyses of the lipid samples, on  AB SCIEX QTRAP® or TripleTOF® mass spectometers*. Application of template interpretation methods streamlines the comprehensive molecular characterization and identification of the lipid species. The software enables also lipid profiling by searching parent- and fragment-ion masses against a database. This lipid fragment database contains over 25,000 entries for over 50 classes of these compounds and over 600 of their characteristic fragments. Moreover, LipidView™ Software allows also for multiple internal standards-based quantification of the lipids present in the investigated samples. The reports are presented in a numerical and graphical output for various lipid molecular species, lipid classes, fatty acids, and long chain bases.

Do you want to know more about LipidView™?
http://www.absciex.com/products/software/lipidview-software

* It is also possible to process the data acquired on the QSTAR® and earlier versions of AB SCIEX Triple Quad™ systems.

MarkerView™ 1.2.1 Software

MarkerView™ to oprogramowanie statystyczne dedykowane do badań metabolomicznych oraz profilowania biomarkerów białkowych lub peptydowych. Pozwala ono na szybką i łatwą eksplorację danych uzyskanych na wszystkich typach spektrometrów mas AB SCIEX, zarówno z jonizacją MALDI jak i ESI, w celu określenia, które ze zidentyfikowanych substancji endogennych charakteryzują się zwiększonymi lub zmniejszonymi poziomami w złożonych próbkach biologicznych. Program ten wykorzystuje techniki analizy wielowariancyjnej do porównania próbek oraz selekcji zmiennych różnicujących utworzone grupy. Umożliwia także określenie oraz wizualizację struktury analizowanych danych. Interaktywne narzędzia do wizualizacji danych są pomocne także podczas wykluczania poszczególnych próbek lub zmiennych, takich jak metabolity ksenobiotyków, przed dalszą analizą. Informacje zawarte w raportach, uzyskanych po przeprowadzonej analizie, pozwalają na wskazanie potencjalnych biomarkerów.

Jesteś zainteresowany bardziej szczegółowymi informacjami dotyczącymi MarkerView™ Prosimy sprawdzić tutaj: http://www.absciex.com/products/software/markerview-software

2

 

MarkerView™ 1.2.1 Software

MarkerView™ is a statistical software designed for metabolomics and protein/peptide biomarker profiling applications. It allows for rapid and easy review of the data acquired on all, MALDI- and ESI-based, AB SCIEX mass spectrometers to determine up- and down-regulation of endogenous compounds in complex samples. The software uses multivariate analysis techniques to compare the samples and determine the variables that distinguish the groups. The structure within the data can also be determined and visualized. Interactive visual tools help to exclude samples and variables, such as xenobiotic metabolites, before further analysis. Obtained post-analysis reports enable to record potential biomarkers.

Are you interested in more detailed information about MarkerView™? Please, refer to: 
http://www.absciex.com/products/software/markerview-software

 

 

 

MultiQuant™ 2.1 Software

MultiQuant™ to oprogramowanie usprawniające przetwarzanie danych z analiz ilościowych uzyskanych z wykorzystaniem spektrometrów mas (np. systemów AB SCIEX typu QTRAP lub TripleQuad). Umożliwia ono opracowywanie danych ilościowych otrzymanych dla różnych analitów w wielu próbkach jednocześnie. W szczególności dedykowane jest ono do analizy danych z eksperymentów przeprowadzonych w trybie monitorowania reakcji następczych (ang. multiple reaction monitoring, MRM) na urządzeniach MS typu potrójny kwadrupol. MRM pozwala na wysoce specyficzną detekcję i oznaczenie ilościowe zdefiniowanych wcześniej przez użytkownika substancji. Ten tryb pracy spektrometru mas charakteryzuje się niskim poziomem interferencji tła i zapewnia wysoką czułość oznaczeń, kluczową dla prowadzenia analiz ilościowych. Wśród licznych zastosowań MRM wyróżnić można m.in. oznaczenia stężeń leków prowadzone w ramach badań klinicznych i przedklinicznych, badania mające na celu weryfikację i walidację biomarkerów w próbkach biologicznych czy też celowaną proteomiczną analizę ilościową.

Aby dowiedzieć się więcej o możliwościach oprogramowania MultiQuant prosimy sprawdzić tutaj: http://www.absciex.com/products/software/multiquant-software

3

MultiQuant™ 2.1 Software

MultiQuant™ streamlines analysis of the quantitative data, which was acquired with the use of mass spectrometers (eg. on AB SCIEX QTRAP or TripleQuad systems). The software is a quantitation package that enables processing of multiple analytes and samples at the same time. It is particularly dedicated to the analysis of the data obtained in the multiple reaction monitoring (MRM) mode experiments performed on triple quadruple MS systems. Multiple reaction monitoring (MRM) allows for highly specific detection and quantification of a particular analyte, which was pre-selected by the user. Moreover, MRM experiments reduce background interference of an analyte and ensures high sensitivity crucial for quantitative analysis. Among broad application range of MRM assays, may be distinguished: drug quantification in pre-clinical and clinical trials, biomarker verification and validation in biological samples or targeted quantitative proteomics applications.

To learn more about MultiQuant™ utilities please refer to: http://www.absciex.com/products/software/multiquant-software

 

Protein Pilot 4.0 Software

Protein Pilot to oprogramowanie wykorzystywane do zautomatyzowanego i kompleksowego przetwarzania jakościowych i ilościowych danych proteomicznych. Oprogramowanie to służy przede wszystkim to identyfikacji białek. Paragon™ Algorithm  jest tutaj wykorzystywany do przeszukiwania uzyskanych widm MS/MS względem baz danych. Równocześnie Protein Pilot może być wykorzystywany do poszukiwania biologicznych i chemicznych modyfikacji białek i ich wariantów genetycznych. Z kolei, Pro Group Algorithm pozawala na późniejszą klasyfikację zidentyfikowanych białek. Ponadto, oprogramowanie Protein Pilot może być wykorzystywane podczas proteomicznych analiz ilościowych (np. w badaniach nad biomarkerami), prowadzonych z zastosowaniem znakowania odczynnikami iTRAQ®, mTRAQ® (4-plex i 8-plex), ICAT® i SILAC™.

Więcej informacji na temat Protein Pilot można znaleźć tutaj: http://www.absciex.com/products/software/proteinpilot-software

4

Protein Pilot 4.0 Software

Protein Pilot is a software used for automatic and comprehensive qualitative and quantitative proteomics data processing. The Protein Pilot performs extensive proteins identification and searches for hundreds of peptides biological and other modifications, genetic variants, and unexpected cleavages simultaneously with the use of the Paragon™ Algorithm. For further protein grouping analyses the Pro Group Algorithm is there used. The software supports also quantitative workflows, which employ iTRAQ®, ICAT®, and SILAC™ reagents, including 4-plex, 8-plex, and the new mTRAQ® reagents for biomarker discovery and verification.

For more information about Protein Pilot, please refer to: http://www.absciex.com/products/software/proteinpilot-software

 

Metabolite Pilot™ Software

MetabolitePilot™ to oprogramowanie usprawniające badania nad metabolizmem leków.  Automatyzuje ono proces znajdowania, identyfikacji i potwierdzania obecności metabolitów na podstawie danych HRMS, uzyskanych z wykorzystaniem wysokorozdzielczego systemu TripleTOF® 5600. Przeprowadza szybką identyfikację struktury i pełną charakterystykę metabolitów, zarówno głównych jak i występujących na niskich poziomach stężeń. Oprogramowanie MetabolitePilot™ wspomaga proces szybkiego podejmowania decyzji podczas badań nad nowymi lekami dzięki funkcjom Batch Processing, Advanced Peak Finding Algorithms, Integrated MS/MS Fragment Interpretation i  Cross Correlation.

Więcej informacji na temat MetabolitePilot tutaj:
http://www.absciex.com/products/software/metabolitepilot-software

5

Metabolite Pilot™ Software

MetabolitePilot™ is a software improving drug metabolism studies. It automates the process of metabolites finding, identification and confirmation from HRMS data, acquired on TripleTOF® 5600 LC/MS/MS System. It performs rapid structural identification and complete characterization of major and low-level metabolites. MetabolitePilot™ Software streamlines quick decision-making in drug discovery research through Batch Processing, Advanced Peak Finding Algorithms, and Integrated MS/MS Fragment Interpretation and Cross Correlation workspaces.

To learn more about MetabolitePilot please refer to:
http://www.absciex.com/products/software/metabolitepilot-software

 

SimGlycan® Software

Oprogramowanie SimGlycan (producent Premier Biosoft) jest dedykowanym produktem do analiz glikobiałek i glikopeptydów. Umożliwia identyfikację miejsc glikozylacji poprzez analizę danych MS/MS. Program jest kompatybilny z plikami *.t2d i *.wiff, co pozwala na wykorzystanie danych ze spektrometrów TripleTOF 5600+, QTRAP 6500 jak i MALDI 5800.

Więcej informacji na temat SimGlycan:
http://sciex.com/products/software/simglycan-software

5

SimGlycan® Software

SimGlycan software (Premier Biosoft) is dedicated for glycoproteins and glycopeptides analyses. It enables identification of glycosylation sites through the MS/MS data analysis. The software is compatible with *.t2d and *.wiff file formats, what allows for the use of data acquired on TripleTOF 500+, QTRAP 6500 and MALDI 5800 mass spectrometers.

More information about SimGlycan software:
http://sciex.com/products/software/simglycan-software

PeakView® Software

PeakView jest samodzielnym oprogramowaniem kompatybilnym ze wszystkimi spektrometrami mas firmy SCIEX. Pozwala na analizę widm LC/MS i MS/MS pod kątem ilościowym. Umożliwia przeglądanie, interpretowanie zarejestrowanych widm, interpretację strukturalną analizowanych związków. Program dzięki dodatkowym mikroapliakcjom jest doskonałym narzędziem do prowadzenia proteomicznych analiz ilościowych bez znakowania izotopowego opartych o metodologię SWATH. Z kolei BioTool Kit pozwala na charakterystykę biocząsteczek włącznie z wyznaczaniem masy i sekwencjonowanie.

Dodatkowe aplikacje:

BioTool Kit
SWATH 2.0

Więcej informacji na temat PeakView dostępnych jest tutaj:
http://sciex.com/products/software/peakview-software

12

PeakView® Software

PeakView is a stand-alone software compatible with all SCIEX mass spectrometers. It enables quantitative analysis of LC/MS and MS/MS data.  PeakView allows viewing, interpretation of recorded spectra, structural elucidation of the analyzed compounds. Thanks to additional microapplications the software is a powerful tool for conducting label-free quantitative proteomnic analyses using SWATH approach. In turn, BioTool Kit allows the characterization of biomolecules including mass determination and sequencing.

Additional applications:

BioTool Kit
SWATH 2.0

More information about PeakView is available here:
http://sciex.com/products/software/peakview-software

Analyst i Analyst®TF Software

Oprogramowanie Analyst i jego wersja TF są integralną częścią spektrometrów mas TripleTOF 5600+ i QTRAP 6500. Umożliwiają integrację systemu chromatograficznego ze spektrometrem mas, kontrolę systemu autosamplera i źródła jonów. Umożliwia kontrolę nad instrumentem, parametrami analizy, rejestracją wyników oraz analizą danych MS (widma XIC i MS). Jest to również integralna część dodatkowego oprogramowania  takiego jak: MasterView Software, MetabolitePilot Software, MultiQuant Software, SWATH Software and ProteinPilot Software, które oferują dodatkowe funkcje  pozwalające na szczegółową analizę danych zarejestrowanych za danym aparacie.

Więcej informacji na temat Analyst dostępnych jest tutaj:
http://sciex.com/products/software/analyst-tf-software

11

Analyst i Analyst®TF Software

Analyst and its TF version are an integral part of the TripleTOF 5600+ and QTRAP 6500 mass spectrometers. They enable the integration of a chromatographic system with a mass spectrometer, control of autosampler system and ion source. The software enables control over the instrument, analysis parameters, data recording and MS data analysis (XIC and MS spectra). It is also an integral part of additional software such as: MasterView Software, MetabolitePilot Software, MultiQuant Software, SWATH Software and ProteinPilot Software, which offer additional functions allowing for detailed analysis of data registered with the given device.

More information on Analyst is available here:
http://sciex.com/products/software/analyst-tf-software

OFERTA

Analizy prowadzone w Laboratorium Spektrometrii Mas:

Poniżej prezentujemy analizy, które można wykonać w Laboratorium Spektrometrii Mas. Jeśli osoby planujące wykonanie niestandardowych eksperymentów z wykorzystaniem techniki MS nie znalazły opisu poszukiwanej procedury, prosimy o osobisty kontakt z pracownikami Laboratorium. W celu ustalenia warunków współpracy oraz zakresu wykonanych analiz prosimy o osobisty kontakt z pracownikami Laboratorium (Zakładka PERSONEL).

Pomiar masy analitu:

Oferujemy pomiar mas dla związków mało i wielkocząsteczkowych w zakresie od 100 Da do 180 kDa. W zależności od potrzeb pomiar może być wykonany na QTRAP 6500 (niska rozdzielczość), MALDI 5800 (rozdzielczość do 28 000) lub na spektrometrze Triple TOF 5600+ (wysoka rozdzielczość).

Identyfikacja białek i związków małocząsteczkowych:

W zależności od rodzaju analizowanej próbki (roztwór, fragment żelu) przed przystąpieniem do analizy konieczne jest przeprowadzenie trawienia białka z wykorzystaniem standardowej procedury (zakładka MATERIAŁY DO POBRANIA). Następnie mieszanina proteolityczna jest rozdzielana z wykorzystaniem chromatografii cieczowej (mikro LC200 Exigent) i poddawana analizie MS oraz fragmentacyjnej MS/MS. W celu uzyskania informacji o białku dane są analizowane w programie ProteinPilot wg algorytmu Paragon lub MASCOT w oparciu o przeszukiwanie baz danych sekwencji białkowych (NCBI, UniProt). Możliwe jest przeszukiwanie na bazie przygotowanej przez osobę zainteresowaną. W tym celu należy dostarczyć do Laboratorium plik z sekwencjami w formacie FASTA.

W przypadku związków małocząsteczkowych identyfikacja prowadzona jest w oparciu o widma fragmentacyjne i analizę widm w programie PeakView - Formula Finder.

Identyfikacja modyfikacji potranslacyjnych:

Spektrometria mas jest metodą często stosowaną do identyfikacji modyfikacji potranslacyjnych w białkach. Do najpopularniejszych modyfikacji należą: fosforylacje, acetylacje, metylacje, glikozylacje, ubikwitynacje itp. W przypadku tego typu analiz należy pamiętać, że białko dostarczone do analizy powinno być oczyszczone (czystość sprawdzona chromatograficznie) i dostarczone w większej ilości. Pierwszy etap przygotowania próbki jest analogiczny do procedury identyfikacji białka, czyli konieczne jest uzyskanie krótkich fragmentów peptydowych (trawienie trypsyną lub innym enzymem). Przed przystąpieniem do analizy MS, aby uzyskać jak najlepsze wyniki, próbkę należy wzbogacić w peptydy z interesującą nas modyfikacją. Najczęściej stosuje się w tym celu odpowiednie mikrokolumny, złoża specyficzne dla danej modyfikacji (np. TiO, przeciwciała itp). Po wzbogaceniu próbki mogą być analizowane na spektrometrze, a widma MS i MS/MS pozwolą na identyfikację miejsca modyfikacji.

Procedura ta jest czasochłonna i wymaga dopracowania procedury wzbogacania i analizy. Bardzo prosimy o kontakt z pracownikami Laboratorium w celu ustalenia procedur i zarezerwowania odpowiedniej ilości czasu na analizy.

Analizy ilościowe:

Spektrometria mas doskonale nadaje się do prowadzenia analiz ilościowych. Mogą być one przeprowadzone w standardowy sposób (bez znakowania, metoda rozcieńczeń) lub z wykorzystaniem izotopowo znakowanych związków, analizy celowane (MRM). Możliwie jest również zastosowanie znaczników typu SILAC czy iTRAQ. Osoby zainteresowane tego typu analizami proszone są o kontakt z pracownikami Laboratorium w celu ustalenia najlepszej metody analizy oraz przygotowania próbek.

Analizy SWATH:

Spektrometr Triple TOF 5600+ pozwala na prowadzenie analiz ilościowych (analiza względna) dzięki możliwości pracy w metodologii SWATH (ang. Sequential Window Acquisition of all THeoretical fragment ion spectra). W skrócie możemy wyróżnić w niej trzy główne etapy: 1) konstrukcję biblioteki widm MS/MS badanej próbki/matrycy, 2) analizę SWATH badanych próbek i 3) analizę danych SWATH przy pomocy utworzonej biblioteki widm MS/MS . Pierwszy etap polega na rejestracji widm masowych oraz fragmentacyjnych próbki po trawieniu proteolitycznym w trybie IDA (ang. Independent Data Acquisition), gdzie fragmentacji poddaje się znajdujące się w próbce anality. Następnie w oparciu o analizę odpowiednio dobranych białkowych baz danych tworzona jest biblioteka dla danej próbki/matrycy. W dalszej kolejności w trybie SWATH rejestruje się dane dla interesujących nas próbek, a ich analizę jakościową i ilościową prowadzi się w oparciu o wcześniej utworzoną bibliotekę widm MS/MS. Zaletą tej metody jest możliwość dodawania nowych analitów do istniejącej już biblioteki i wtórna analiza danych zarejestrowanych wcześniej. Nie ma potrzeby ponownego rejestrowania widm masowych dla analizowanych próbek. Bardzo istotne jest również, że jest to metoda nie wymagająca wprowadzania znakowania izotopowego, co zawsze dodatkowo podnosi koszt eksperymentów. W metodologii tej możliwe jest prowadzenie analiz w większości matryc biologicznych (krew osocze, mocz itd).

PRZYGOTOWANIE PRÓBKI

Istotne informacje

Przygotowanie próbki jest kluczowym elementem analiz prowadzonych z wykorzystaniem spektrometrii mas i bezpośrednio przenosi się na jakoś otrzymanych danych. Jonizacja analizowanych molekuł może być drastycznie obniżona przez obecność zanieczyszczeń takich jak: powszechnie stosowane nielotne bufory czy detergenty. Najczęściej stosowane w pracach z białkami reagenty są w większości mało kompatybilne ze spektrometrią mas, a wprowadzenie ich do spektrometru powoduje jego zanieczyszczenie lub zapchanie nielotnymi związkami wprowadzonymi do maszyny.

Jeśli planujesz analizę MS swojej próbki, zapoznaj się z kilkoma głównymi uwagami technicznymi dotyczącymi przygotowania próbki:

  • próbki do analizy należy skrupulatnie oznaczyć zarówno na opakowaniu, jak i w formularzu zlecającym analizę, co pozwoli na łatwą identyfikację próbki i jej właściciela,
  • do eksperymentów proteomicznych, których analizy będą prowadzone w oparciu o MS stosuj odczynniki o klasie czystości MS GRADE
  • próbki należy dostarczać w szklanych fiolkach lub probówkach typu Eppendorf, (preferujemy bezbarwne o zmniejszonym przyleganiu próbki do powierzchni tzw LoBinding).
  • substancja przeznaczona do analizy może być dostarczona w formie liofilizatu lub roztworu z dokładnie opisanym składem (bufory, dodatki),
  • dobrze jest podać preferowane rozpuszczalniki jak i kompozycję substancji dodatkowych znajdujących się w próbce (detergenty, sole, inne dodatki),
  • prosimy o podanie na formularzu zgłoszeniowym wszelkich informacji dotyczących sposobu przechowywania próbki, wrażliwości na czynniki zewnętrzne lub informacji o toksyczności dostarczonego materiału.

Szczegółowe informacje dotyczące przygotowania próbki można pobrać w zakładce MATERIAŁY DO POBRANIA --> PRZYGOTOWANIE PROBKI

MATERIAŁY DO POBRANIA

Przygotowanie próbki

  • formularz dostarczenia próbki;
  • polityka jakości.

     Procedury do pobrania:

  • Przygotowanie próbki;
  • Ekstrakcja peptydów z trawionych trypsyną białek z kawałków żelu SDS-PAGE;
  • Trawienie białek w roztworze mix trypsyna-LysC;
  • Trawienie białek w roztworze trypsyną;
  • Trawienie białek rozdzielonych na żelu SDS-PAGE z wykorzystaniem trypsyny;
  • Procedura odsalania próbki.

Jeśli są Państwo zainteresowani wprowadzeniem nowych ogólnodostępnych procedur, bardzo prosimy o kontakt z Laboratorium.

PLIKI: (proszę kliknąć na interesujący temat)

PUBLIKACJA WYNIKÓW

Publikacja wyników

Osoby korzystające z naszego serwisu jednoznacznie wyrażają zgodę na poniższe warunki:

WSPÓŁAUTORSTWO

Jeśli pracownicy Laboratorium Spektrometrii Mas uczestniczą w planowaniu i przeprowadzaniu eksperymentów MS oraz rozwiązywaniu postawionych pytań naukowych z wykorzystaniem uzyskanych danych, powinni być uwzględnieni jako współautorzy publikacji naukowej powstałej z wykorzystaniem tychże wyników zgodnie z rekomendacją "ICMJE Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals concerning Authorship and Contributor ship".

Korzystanie ze spektrometrów i powszechnie znanych metod nie jest warunkiem ubiegania się o współautorstwo.

PODZIĘKOWANIA

Laboratorium Spektrometrii Mas powinno być wzmiankowane w PODZIĘKOWANIACH jeśli dane uzyskane z pomiarów prowadzonych w naszym Laboratorium są umieszczone w publikacji. Prosimy o umieszczenie poniższej treści lub jej modyfikacji:

The XXX work/service was provided by the Laboratory of Mass Spectrometry at the Intercollegiate Faculty of Biotechnology University of Gdansk and Medical University of Gdansk. We would like to acknowledge the Mobi4Health EU project which allowed us to use high quality mass spectrometers. Mobi4Health has received funding from the European Union’s Seventh Framework Program for research, technological development and demonstration under grant agreement no. 316094 and from the Ministry of Science and Higher Education.

 

PUBLIKACJE

  1. P. Stanczak, D. Valensin, P. Juszczyk, Z. Grzonka, C. Migliorini, E. Molteni, G. Valensin, E. Gaggelli, H. Kozlowski. Structure and Stability of the CuII Complexes with Tandem Repeats of the Chicken Prion”. Biochemistry, 2005, 44 (39), pp 12940–12954, DOI: 10.1021/bi051177e (IF 2015 2.876, IF 5letni 2.828)

  2. R. Kaliszan, T. Bączek, A. Cimochowska, P. Juszczyk, K. Wiśniewska, Z. Grzonka. Prediction of high-performance liquid chromatography retention of peptides with the use of quantitative structure-retention relationships”. Proteomics, 2005, 5(2), 409-415, DOI: 10.1002/pmic.200400973 (IF 2015 4.079, IF 5letni.3.666)

  3. P. Juszczyk, AS. Kołodziejczyk, Z. Groznka. „Circular dichroism and aggregation studies of amyloid beta (11-28) fragment and its variants”. Acta Biochimica Polonica, 2005, 52(2) 425-431 (IF 2015 1.187, IF 5letni.1.534)

  4. T. Bączek, MP. Marszał, R. Kaliszan, Ł Walijewski, W. Makowiecka, B. Sparzak, Z. Grzonka, K Wiśniewska, P. Juszczyk. „Behavior of peptides and computer-assisted optimization of peptides separations in a normal-phase thin-layer chromatography system with and without the addition of ionic liquid in the eluent”. Biomedical Chromatography, 19(1), 1-8, DOI: 10.1002/bmc.405 (IF 2015 1.729, IF 5letni.1.65).

  5. P. Stańczak, D. Valensin, P. Juszczyk, Z. Grzonka, G. Valensin, F. Bernardi, E. Molteni, E. Gaggelli, H. Kozłowski. Fine tuning the structure of the Cu2+ complex with the prion protein chicken repeat by proline isomerizationChem. Commun., 2005, 3298-3300 DOI: 10.1039/B504986E (IF 2015 6.567, IF 5letni 6.628).

  6. P. Stańczak, M. Łuczkowski, P. Juszczyk, Z. Grzonka, H. Kozłowski. „Interaction of Cu2+ ions with chicken prion tandem repeats”. Dalton Trans., 2004, 2102-2107, DOI: 10.1039/B405753H (IF 2015 4.177, IF 5letni 4.003).

  7. P. Juszczyk, R. Kasprzykowska, AS. Kołodziejczyk. „Simple and efficient synthesis of chiral amino alcohols with an amino acid-based skeleton”. Letters in Peptide Science 2003, 10(2), 79-82, DOI: 10.1023/B:LIPS.0000032366.28662.1d (IF 2015 0.406).

  8. P. Juszczyk, L. Łankiewicz, AS. Kołodziejczyk. „Synthesis of orthogonally protected vicinal diamines with amino acid-based skeleton”. Letters in Peptide Science, 2002, 9(4), 187-192, DOI: 10.1007/BF02538381 (IF 2015 0.406).

  9. S. Rodziewicz-Motowidło, P. Juszczyk, A.S. Kołodziejczyk, E. Sikorska, A. Skwierawska, M. Oleszczuk, Z. Grzonka: „ Conformational solution studiem of the SDS micelle-bound 11-28 fragment of two Alzheimer’s beta-amyloid variants (E22K and A21G) using CD, NMR, and MD techniques”, Biopolymers, 2007, 87, 23-39 (IF=2.545)

  10. P. Stańczak, P. Juszczyk, Z. Grzonka, H. Kozłowski: „ The whole hexapeptide repeats domain from avian PrP displays untypical hallmarks in aspekt of the Cu(2+) complexes formation”, FEBS Letters, 2007, 581, 4544-4548 (IF=3.399)

  11. Janicka-Kłos, P. Juszczyk, Z. Grzonka, H. Kozłowski: „ Competition between the albumin and Tyree histidine fragments of amyloid prekursor protein sites to bind Cu(II)”, Polyhedron, 2007,  27, 1511-1516 (IF=2.003)

  12. S. Rodziewicz-Motowidło, P. Czaplewska, E. Sikorska, M. Spodzieja, A.S. Kołodziejczyk: „The Arctic mutation Walters helix length and type In the 11-28 beta-amyloid peptide monomer-CD, NMR and MD studies in an SDS micelle”, Journal of Structural Biology, 2008, 164, 199-209 (IF=4.151)

  13. P. Juszczyk, A.S. Kołodziejczyk, Z. Grzonka: “FTIR spectroscopic studiem on aggregation process of the beta-amyloid 11-28 fragment and its variants”, J. Pept. Sci., 2009, 15, 23-29 (IF=1.954)

  14. S. Rodziewicz-Motowidło, R. Sosnowska, J. Iwaszkiewicz, P. Juszczyk, E. Sobolewski, A. Szymańska, K. Stachowiak, A. Liwo: "The role of the Val57 amino-acid residue in the human cystatin C dimerization process; Conformational studies of the 2-L1- 3 human cystatin C fragment and its mutants", Biopolymers, 2009, 91, 373-383 (IF=2.545)

  15. Szymańska, A. Radulska, P. Czaplewska, A. Grubb, Z. Grzonka, S. Rodziewicz-Motowidło: „Governing the monomer-dimer ratio of human cystatin c by single amino acid substitution in the hinge region”, Acta Biochim. Pol., 2009, 56, 455-463, (IF2008 = 1.448)

  16. Szymańska, E. Jankowska, M. Orlikowska, I. Behrendt, P. Czaplewska, S. Rodziewicz-Motowidło: Influence of point mutations on the stability, dimerization, and oligomerization of human cystatin C and its L68Q variant; Front. Mol. Neurosci., 2012, 5, 82 (CI=3)

  17. G. Paraschiv, C. Vincke, P. Czaplewska, M. Manea, S. Muyldermans and M. Przybylski Epitope structure and binding affinity of single chain llama anti-β-amyloid antibodies revealed by proteolytic excision affinity-mass spectrometry”. 2013 Journal of Molecular Recognition. 26 (1), 1–9, DOI: 10.1002/jmr.2210 (IF=3.31)

  18. P. Juszczyk, G. Paraschiv, A. Szymańska, A.S. Kolodziejczyk, S. Rodziewicz-Motowidlo, Z. Grzonka, M. Przybylski: „Binding epitopes and interaction structure of the neuroprotective protease inhibitor cystatin C with beta-amyloid revealed by proteolytic excision mass spectrometry and molecular docking simulation”J. Med Chem., 2009, 52, 2420-2428, (IF2008 = 4.898, punktacja MNiSW 45)

  19. A. Śladewska, A. Szymańska, M. Kordalska, A. Lewandowska, A S. Kołodziejczyk, A. Grubb, G. Paraschiv, M. Przybylski, P. Czaplewska: “Identification of the epitope for anti cystatin C antibodies (Cyst-13)”, J. Mol. Recogn., 2011, 24, 687-699. (IF2010=2.286, punktacja MNiSW 20)

  20. M. Spodzieja, A. Szymańska, A. Kołodziejczyk, M. Prądzińska, M. Maszota, P. Stefanowicz, Z. Szewczuk, A. Grubb, P. Czaplewska. Interaction of serum amyloid A with human cystatin C—identification of binding sites., Journal of Molecular Recognition, 25 (10), 513-524, 2012. DOI: 10.1002/jmr.2220 (IF=3.31, punktacja MNiSW 20)

  21. M. Spodzieja, M. Rafalik, A. Szymańska, AS. Kołodziejczyk, P. Czaplewska (. Interaction of serum amyloid A with human cystatin C – asessment of amino acid residues crucial for hCC-SAA formation (part II). Journal of Molecular Recognition. 2013, 26(9), 415-425. DOI: 10.1002/jmr.2283 (IF=3.31, punktacja MNiSW 20)

  22. M. Maszota, N. Karska, M. Spodzieja, J. Ciarkowski, AS. Kolodziejczyk,S. Rodziewicz-Motowidlo, P. Czaplewska. "Structural studies of the C-terminal 19-peptide of serum amyloid A and its Pro -> Ala variants interacting with human cystatin C" Journal of Molecular Recognition, 2015, 28 (7), pages: 413-426. DOI: 10.1002/jmr.2457 (IF 2.091, punktacja MNiSW 20)

  23. I. Behrendt, M. Prądzińska, M. Spodzieja, AS. Kołodziejczyk, S. Rodziewicz-Motowidło, A. Szymańska, P. Czaplewska. "Epitope location for two monoclonal antibodies against human cystatin C, representing opposite aggregation inhibitory properties" Amino Acids  DOI: 10.1007/s00726-016-2242-z (IF 3.29, punktacja MNiSW 30).

  24. M Prądzińska, I Behrendt, M Spodzieja, AS. Kołodziejczyk, S Rodziewicz-Motowidło, A Szymańska, SL. Lundström, RA. Zubarev, K Macur, P Czaplewska. Isolation and characterization of autoantibodies against human cystatin C Amino Acids online, 08 June 2016, DOI 10.1007/s00726-016-2271-7 (IF 3.29, punktacja MNiSW 30).

  25. M. Prądzińska, I. Behrendt, J. Astorga-Wells, A. Manoilov, R. Zubarev, AS Kołodziejczyk, S. Rodziewicz-Motowidło, P Czaplewska. "Application of amide hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry for epitope mapping in human cystatin C". Amino Acids 2016, DOI: 10.1007/s00726-016-2316-y (IF 3.29, punktacja MNiSW 30).

  26. M Spodzieja, K Kalejta, AS Kołodziejczyk, M Maszota-Zieleniak, S Rodziewicz-Motowidło, W Żmudzińska, P Czaplewska (autor korespondencyjny). " Characteristics of C-terminal, β-amyloid peptide binding fragment of neuroprotective protease inhibitor, cystatin C". Journal of Molecular Recognition.2016 (IF 2.091, punktacja MNiSW 20).

PRZYDATNE LINKI

Polish Mass Spelctrometry Society - http://ptsm.ibch.poznan.pl/

Ion Source - http://www.ionsource.com/

Scripps Center for Metabolomics and Mass Spectrometry - http://masspec.scripps.edu/

Peptide Mass Calculator - http://immweb.vet.uu.nl/P&P_fac/pepcalc.htm

Fragment Ion Calculator - http://db.systemsbiology.net:8080/proteomicsToolkit/FragIonServlet.html

Peptide Mass - http://web.expasy.org/peptide_mass/

PubMed - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

Sciex - https://sciex.com/

IBB oprogramowanie do analiz - http://proteom.ibb.waw.pl/