Laboratorium obrazowania i analizy danych
PROFIL
Laboratorium oferuje szeroki serwis usług, które obejmują obrazowanie preparatów biologicznych w świetle widzialnym oraz fluorescencyjnym oraz szeroko rozumianą analizę uzyskanych obrazów. Lista oferowanych możliwości jak i wyposażenia stale się powiększa, co związane jest z dynamicznym rozwojem naszego Laboratorium. Osoby zainteresowane współpracą i korzystaniem z zasobów Laboratorium obrazowania i analizy danych prosimy o kontatakt [e-mail]
ZESPÓŁ
Kierownik: dr hab. Rafał Sądej, prof. GUMed [e-mail]
Nadzór:
dr Michał Rychłowski [e-mail]
Telefon: +48 58 523 63 84
dr Katarzyna Węgrzyn [e-mail]
Telefon: +48 58 523 63 66
dr hab. Robert Czajkowski, prof UG [e-mail]
Telefon: +48 58 523 63 29
APARATURA
Fluorescencyjny mikroskop konfokalny Leica TCS SP8 X z białym laserem.
Biały laser umożliwia wybór dowolnej długości fali światła wzbudzającego z dokładnością do 1 nm w zakresie od 470 nm do 670 nm. Dodatkowo mikroskop wyposażony jest w laser argonowy z pięcioma liniami wzbudzenia (458, 476, 488, 496, 514 nm) oraz laser diodowy 405nm. Dzięki temu system można w pełni dostosować do dokładnych parametrów wzbudzenia różnych barwników fluorescencyjnych. Za rozdzielenie wiązki światła wzbudzającego od emitowanego w mikroskopie odpowiada unikalny system AOBS. Pozwala to na dowolny wybór linii światła wzbudzenia i emisji preparatu.
Dostępne obiektywy: 5x/015, 10x/03, 20x/075 imersja glicerolowa, wodna, lub olejowa, 63x/1,4 imersja olejowa, 63x/1,2 imersja wodna, 100x/1,4 imersja olejowa.
System wyposażony jest w komorę do obserwacji przyżyciowych i dzięki temu można prowadzić długotrwałe obserwacje fluorescencji w żywych komórkach.
Dokładny opis sprzętu można znaleźć na stronie producenta:
http://www.leica-microsystems.com/products/confocal-microscopes/details/product/leica-tcs-sp8-x/
Fluorescencyjny mikroskop konfokalny Leica HCS LSI
Mikroskop konfokalny przeznaczony do oglądania „dużych” preparatów. Maksymalne pole widzenia wynosi 484mm2, istnieje możliwość łączenia obrazów. Mikroskop jest wyposażony w cztery diodowe lasery (405, 488, 561, 635nm) do pracy w trybie konfokalnym, źródło światła białego (EPI) oraz źródło światła UV. Podczas pracy w trybie konfokalnym obraz jest rejestrowany przez pojedynczy detektor spektralny o zakresie pracy 430-750nm i rozdzielczości spektralnej 5nm. W trybie pracy stereomikroskopu obraz może być oglądany bezpośrednio przez operatora lub przy użyciu monochromatycznej kamery CCD. Mikroskop wyposażony w filtry do wzbudzania klasycznych barwników lub fluoroforów (DAPI, GFP, FM-54).
Dostępne makro-obiektywy: 1x/0.117, WD 97mm, 2x/0.234, WD 39mm oraz 5x/0.50, WD 19mm .
Dostępne mikro-obiektywy: 10x/0.30, 40x/1.15 imersja olejowa oraz 64x/1.30 imersja olejowa.
System wyposażony jest w komorę do obserwacji przyżyciowych i dzięki temu można prowadzić długotrwałe obserwacje fluorescencji w żywych komórkach.
Dokładny opis sprzętu można znaleźć na stronie producenta:
http://www.leica-microsystems.com/products/confocal-microscopes/details/product/leica-hcs-lsi/
Fluorescencyjny mikroskop konfokalny Nikon PCM 2000
Mikroskop jest wyposażony w trzy lasery o długościach fali 488, 546 i 633nm, lampę rtęciową HBO i ultra czułą kolorową kamerę Hamamatsu Orca C4742. System umożliwia zbieranie obrazów o bardzo małej intensywności fluorescencji.
Dostępne obiektywy: 4x/0,13, 10x/0,30, 20x/0,45 40x/060, 63x/1,4 imersja olejowa, 100x/1,4 imersja olejowa.
Mikroskop fluorescencyjny Olympus BX51
Mikroskop fluorescencyjny dolnostolikowy Olympus BX51 posiada oświetlenie halogenowe 100W, czarno-białą kamerę, filtry umożliwiające obserwację fluorescencji np. GFP, YFP, CFP, FM4-64, DAPI, oraz oprogramowanie AnalySIS® umożliwiające analizę obrazu.
Do wyposażenia mikroskopu należą:
Obiektywy:
- UPlanFI 40x/0,75
- PlanApo 100x/1,4 oil
- UPlanFI 100x/1.3 oil
Okulary:
- WH10x/22
Filtry do fluorescencji:
- UN41028 (Ex.: 488-512 nm, Em.: 532-554 nm)
- U-MWB2 (Ex.: 460-490 nm, Em.: ≥520 nm)
- U-MNU2 (Ex.: 360-370 nm, Em.: ≥420 nm)
- U-MNIB2 (Ex.: 470-490 nm, Em.: ≥505 nm)
- UN31044V2 (Ex.: 426-450 nm, Em.: 502-538 nm)
- U-MWG2 (Ex.: 510-550 nm, Em.: ≥590 nm)
- U-FUNA (Ex.: 360-370 nm, Em.: 420-460 nm)
Stereoskopowy mikroskop fluorescencyjny Leica MZ10 F
Mikroskop stereoskopowy Leica MZ10 F z systemem zoom, umożliwiającym uzyskanie powiększeń od 8x do 80x. Mikroskop daje możliwość obserwacji fluorescencji preparatów poprzez filtry dla GFP, mCherry i DAPI. System posiada też kamerę i specjalistyczne oświetlenie w zakresie światła widzialnego.
Mikroskop jest dobrym narzędziem do obserwacji fluorescencji w preparatach przyżyciowych i może być używany w wielu aplikacjach biologicznych.
Dokładny opis sprzętu można znaleźć na stronie producenta:
https://www.leica-microsystems.com/products/stereo-microscopes-macroscopes/research/details/product/leica-mz10-f/
OPROGRAMOWANIE
Leica TCS SP8 X
1. Leica Application Suite X - oprogramowanie dedykowane do mikroskopu Leica TCS SP8 X, rozbudowane o moduły:
- 3D (moduł przeznaczony do projekcji i analizy obrazów zbieranych w płaszczyźnie Z)
- FRAP Fluorescence recovery after photobleaching
- FRET Förster resonance energy transfer
Leica HCS LSI
1. Leica Application Suite X - oprogramowanie dedykowane do mikroskopu Leica HCS LSI, rozbudowane o moduły:
- 3D (moduł przeznaczony do projekcji i analizy obrazów zbieranych w płaszczyźnie Z)
- FRAP (Fluorescence recovery after photobleaching)
- FRET (Förster resonance energy transfer)
- Dekonwolucji
Nikon PCM 2000
2. EZ 2000 for PCM - oprogramowanie do obsługi mikroskopu konfokalnego
3. Lucia Image - oprogramowanie do obsługi kamery Hamamatsu Orca.
4. NIS-Elements BR – program pomiarowo-analityczny zapewniający analizę
obrazu mikroskopowego z wyszukiwaniem obiektów, ich pomiarami i klasyfikacjami.