Laboratorium analiz genetycznych | Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Laboratorium Analiz Genetycznych

Ostatnia modyfikacja: 
poniedziałek, 19 marca 2018 roku, 8:55

 

PROFIL / PROFILE

Laboratorium oferuje szeroki zakres usług związanych z analizą kwasów nukleinowych. Wykaz oferowanych badań jak i lista wyposażenia będą stopniowo powiększane wraz z rozwojem naszego Laboratorium. Wszelkie zapytania odnośnie planowania eksperymentów i wykonywania analiz proszę kierować do dr Anny Wróblewskiej [e-mail] The Laboratory offers a wide range of services for nucleic acid analysis. The catalog of offered tests as well as the list of equipment will be gradually expanded along with development of our Laboratory. For more information on arranging experiments and analysis please contact Anna Wróblewska PhD  [e-mail]

ZESPÓŁ / TEAM

Kierownik / Head: prof. dr hab. Michał Obuchowski [e-mail]

Nadzór / Specialist: dr Anna Wróblewska [e-mail]

OFERTA / OFFER

  • Oczyszczanie i kontrola jakości kwasów nukleinowych
  • Genotypowanie (polimorfizmy pojedynczego nukleotydu, mikrosatelity)
  • Detekcja mutacji ze zwiększoną czułością, w tym analiza wolnego krążącego DNA (tzw. płynne biopsje)
  • Analiza metylacji DNA
  • Ilościowa analiza ekspresji genów
  • Wykrywanie patogenów
  • Identyfikacja mikroorganizmów
  • Purification and quality control of nucleic acids
  • Genotyping (single nucleotide polymorphisms, microsatelites)
  • High sensitivity mutation detection including analysis of free circulating DNA (liquid biopsies)
  • DNA methylation analysis
  • Quantitative gene expression analysis
  • Pathogen detection
  • Microorganisms identification

APARATURA / EQUIPPMENT

System MassARRAY®.

MassARRAY to platforma umożliwiająca wysokoprzepustową, ukierunkowaną analizę kwasów nukleinowych bez użycia znaczników fluorescencyjnych, wykorzystująca spektrometrię mas do detekcji końcowych produktów reakcji PCR. System MassARRAY umożliwia prowadzenie niezwykle precyzyjnych, szybkich i opłacalnych analiz genetycznych dzięki unikatowemu połączeniu detekcji z użyciem spektrometru mas MALDI-TOF, dedykowanych zestawów odczynników oraz zaawansowanej analizy in silico. Dzięki takiemu rozwiązaniu system ten stanowi doskonałe narzędzie zarówno w badaniach podstawowych, stosowanych, jak i klinicznych. Platforma MassARRAY umożliwia badania w formacie płytki 96- dołkowej i pozwala na analizę wielu produktów PCR w jednej reakcji. W skład systemu wchodzi nanodyspenser do nakładania prób na matryce, spektrometr mas oraz kompletne oprogramowanie do projektowania eksperymentów i analizy danych.
Dostępne obecnie zastosowania systemu MassARRAY obejmują:

  • Genotypowanie oraz wykrywanie mutacji
  • Detekcję ze zwiększoną czułością, w tym analizę wolnego krążącego DNA (tzw. płynne biopsje)
  • Analizę metylacji DNA
  • Analizę ekspresji genów
  • Wykrywanie patogenów
  • Identyfikację mikroorganizmów
 

MassARRAY system®.

MassARRAY is a non-fluorescent platform enabling a high-throughput, targeted analysis of nucleic acids, and utilizing mass spectrometry to detect end-point PCR products. MassARRAY allows for a very accurate, fast, and cost-effective genetic analyses due to the unique combination of MALDI-TOF mass spectrometry, dedicated reagent kits, and advanced in silico analyses. Such solution makes this system an excellent tool in basic, applied, and clinical research. The MassARRAY platform allows for studies in a 96-well plate format and enables analysis of highly multiplexed reactions. The system includes nanodispenser device for transferring samples onto the spectral chips, mass spectrometer and the complete software for designing experiments and data analysis.

The following applications of MassARRAY system are currently available:

  • Genotyping and mutation detection
  • Ultrasensitive detection, including analysis of cell-free circulating DNA (‘liquid biopsies’)
  • DNA methylation analysis
  • Gene expression analysis
  • Pathogen detection
  • Identification of microorganisms

MagNA Pure LC 2.0

Aparat MagNA Pure LC 2.0 służy do szybkiej, zautomatyzowanej izolacji kwasów nukleinowych i przygotowywania reakcji PCR. Wykorzystując technologię kulek magnetycznych oraz dedykowane zestawy odczynników urządzenie umożliwia wydajną izolację DNA lub RNA od 8 do 32 prób w jednej serii w czasie około 60 minut. MagNa Pure pozwala na przetwarzanie szeregu różnych rodzajów materiałów, między innymi krwi pełnej, surowicy, komórek bakteryjnych oraz tkanek zwierzęcych i roślinnych. Zamknięta komora urządzenia z możliwością dekontaminacji z użyciem wbudowanej lampy UV, a także system filtrów HEPA zabezpieczają przed zanieczyszczeniem prób. Aparat MagNA Pure umożliwia dodatkowo precyzyjne przygotowanie reakcji PCR/ RT-PCR bezpośrednio po etapie elucji kwasów nukleinowych, a także nałożenie mieszanin do kapilar kompatybilnych z termocyklerem LightCycler 2.0, 96- dołkowych płytek PCR lub do mikroprobówek.

 

MagNA Pure LC 2.0

The MagNA Pure LC 2.0 is an instrument for rapid, automatic isolation of nucleic acids and PCR setup. The combination of the magnetic-bead technology with dedicated kits enables efficient isolation of DNA or RNA from 8 up to 32 samples in one batch in 60 minutes. MagNa Pure allows for processing of a variety of different materials including whole blood, serum, bacterial cells, as well as animal and plant tissues. The instrument is equipped with a completely closed housing unit, which can be decontaminated with a built-in UV-lamp, and a HEPA-filter system, which prevent sample contamination. Additionally MagNa Pure enables a precise setup of PCR/RT-PCR reactions right after nucleic acid elution step. The instrument can also directly pipette reaction mixes to LightCycler® 2.0 capillaries, 96-well PCR plates or to micro tubes.

LightCycler® 480

System LightCycler 480 jest wysokowydajną platformą do prowadzenia reakcji PCR zapewniającą szereg metod do analizy ilościowej genów oraz badań zmienności genetycznej. W skład platformy wchodzi aparat LightCycler 480, wszechstronny, płytkowy termocykler real-time PCR, który może pracować zarówno w formacie płytek 96- jak i 384-dołkowych. Możliwość elastycznego wyboru pomiędzy 5 filtrami wzbudzenia i 6 filtrami emisji sprawia, że system jest kompatybilny z większością obecnie dostępnych barwników fluorescencyjnych oraz formatów analiz, zarówno w badaniach z użyciem jednego jak i wielu barwników jednocześnie. Instrument LightCycler 480 zapewnia niezwykłą jednorodność temperatur ze studzienki na studzienkę, a także maksymalną powtarzalność między poszczególnymi reakcjami oraz pomiędzy analizami. Oprogramowanie wchodzące w skład platformy LightCycler 480 umożliwia dokładną i niezawodną, automatyczną analizę danych, od podstawowej analizy manualnej aż po szeroki wybór metod analizy ilościowej, zgodnych z wytycznymi MIQE. Do najpowszechniejszych zastosowań systemu LightCycler 480 należą:

Analiza ilościowa

  • Wykrywanie genów
  • Względna lub bezwzględna analiza ilościowa/ analiza ekspresji genów

Analiza zmienności genetycznej

  • Genotypowanie na podstawie krzywej topnienia ze znakowanymi sondami
  • Genotypowanie typu ‘endpoint’
  • Analiza krzywej topnienia w wysokiej rozdzielczości (High-Resolution Melting)
 

LightCycler® 480 system

The LightCycler 480 System is a high-performance PCR platform that provides various methods for gene quantification and genetic variation analysis. The platform includes LightCycler 480 Instrument, a versatile, plate-based real-time PCR device which can work either in a 96- or 384-well plate format. Flexible selection among 5 excitation and 6 emission wavelengths makes the system compatible with most currently available dyes and assay formats in monocolor as well as multiplex assays. The LightCycler 480 Instrument provides extraordinary well-to-well temperature homogeneity and maximized inter-well as well as inter-cycle reproducibility. The LightCycler 480 Software enables accurate and robust automated data analysis from basic manual analysis to a wide choice of flexible quantification methods in line with MIQE guidelines. The most common applications covered by the LightCycler 480 System include:

 

Gene Quantification

  • Sequence detection in a sample
  • Absolute or relative quantification/ gene expression analysis

Genetic Variation Analysis

  • Melt-curve genotyping with labeled probes
  • Endpoint genotyping
  • High-Resolution Melting

2200 TapeStation Nucleic Acid System

Aparat TapeStation 2200 do elektroforezy kapilarnej kwasów nukleinowych z użyciem barwników fluorescencyjnych pozwala na czułą analizę ilościową i jakościową roztworów DNA i RNA. Zautomatyzowane nakładanie prób, elektroforeza i obrazowanie, a także zastosowanie dedykowanych odczynników i materiałów, gwarantuje doskonałą powtarzalność bez ryzyka kontaminacji. TapeStation 2200 umożliwia sprawną analizę roztworów kwasów nukleinowych o stężeniu nawet 0,1 ng/μl i przy 2 μl maksymalnej objętości próby niezbędnej do analizy. System TapeStation jest idealny do kontroli jakości prób RNA lub DNA w trakcie przygotowania do sekwencjonowania nowej generacji oraz porównawczej hybrydyzacji genomowej.

 

2200 TapeStation Nucleic Acid System

TapeStation 2200 instrument employs capillary electrophoresis of nucleic acids with fluorescent dyes providing information on quality, quantity and sizing of analyzed DNA or RNA samples. Automated sample loading, separation and imaging, as well as the use of dedicated reagents and materials guarantee excellent reproducibility with eliminated risk of contamination. TapeStation 2200 enables rapid analysis of RNA or DNA solutions at concentrations as low as 0.1 ng/μl with 2 μl of maximal sample volume needed for analysis. The TapeStation system is ideal for quality control of nucleic acid samples during workflow for Next Generation Sequencing and array comparative genomic hybridization experiments.

Stacja epMotion 5070

EpMotion 5070 jest automatyczną stacją służącą do dokładnego i powtarzalnego pipetowania cieczy w zakresie objętości od 1 µL do 1 mL. Urządzenie wyposażone jest w 4 stanowiska na stole i 3 pozycje wirtualne, sensor optyczny, dwie jednokanałowe głowice pipetujące, panel sterujący oraz zamkniętą komorę pracy. Stacja EpMotion może być wykorzystana w wielu rutynowych zastosowaniach takich jak sporządzanie seryjnych rozcieńczeń, rozpipetowanie odczynników czy przygotowanie reakcji. 

 

EpMotion 5070 station

EpMotion 5070 is a liquid handling workstation for accurate and reproducible automated pipetting within the volume range from 1 µL to 1 mL. The instrument is equipped with 4 worktable positions and 3 virtual sites, optical sensor, two 1-channel pipetting tools, control panel, and a closed working space. EpMotion can be used for any routine application such as preparing serial dilutions, reagent distribution and assay setup.

Czytnik płytek 2104 EnVision

Aparat EnVision to niezwykle szybki, czuły i uniwersalny czytnik łączący zastosowanie filtrów optycznych i dwóch monochromatorów. W skład jego unikatowej konstrukcji wchodzą moduły luster optycznych dedykowane do konkretnych aplikacji, ksenonowa lampa błyskowa oraz dwa wysokiej szybkości detektory. EnVision jest także wyposażony w standardowy moduł do pomiarów w technologii AlphaScreen™ (PerkinElmer), kontrolę temperatury, czytnik kodów, dyspenser oraz 13 filtrów optycznych z możliwością poszerzenia zestawu o nowe filtry. Aparat może pracować w formacie płytek od 1- do 384- dołkowych, skanować obszar studzienki do testów komórkowych oraz ma możliwość odczytu fluorescencji od dołu płytki. Czytnik może być wykorzystany w wielu technologiach pomiarowych takich jak absorbancja, luminescencja, fluorescencja, polaryzacja fluorescencji, fluorescencja czasowo-rozdzielcza, w tym w technologiach DELFIA®, LANCE™ i TruPoint™ (PerkinElmer), a także w pomiarach z użyciem AlphaScreen™ i AlphaLisa™. Do przykładowych zastosowań EnVision należą różnorodne testy komórkowe, enzymatyczne oraz immunologiczne, monitorowanie ekspresji genów reporterowych, badanie oddziaływań między cząsteczkami, a także ilościowa analiza związków niskocząsteczkowych lub specyficznych białek.

 

2104 EnVision multilabel plate reader

The EnVision instrument is a fast and sensitive benchtop reader, combining filters and two monochromators for enhanced flexibility. Its unique design features label-specific optical mirror modules, high energy Xenon flash lamp, and dual high speed detector system. EnVision is also equipped with a standard module for measuring in PerkinElmer’s AlphaScreen™ technology, temperature control, barcode reader, dispenser, as well as with an extendable set of 13 filters. The instrument can read from 1 to 384 well format, scan the well area for cellular assays and measure the fluorescence from below. Measurement technologies covered by the reader include absorbance, fluorescence intensity, fluorescence polarization, time-resolved fluorescence, including PerkinElmer’s DELFIA®, LANCE™ and TruPoint™ technologies, luminescence, as well as AlphaScreen™ and AlphaLisa™ technology. EnVision can be applied for various cellular, enzyme and imunno- assays, monitoring reporter gene expression, studying interactions between molecules, as well as quantification of low molecular weight compounds or specific proteins.

Analizator xCELLience® RTCA DP

Aparat xCELLience RTCA DP pozwala na pomiar proliferacji, zmian morfologicznych oraz siły adhezji komórek w czasie rzeczywistym, bez użycia znaczników. Analizator wykorzystuje nieinwazyjną technikę monitorowania impedancji oraz dedykowane płytki do hodowli komórek ze zintegrowanymi złotymi mikroelektrodami. Urządzenie może dodatkowo wykonywać pomiary kinetyki inwazji i migracji komórek z użyciem specjalnych płytek ze zintegrowanymi elektronicznie komorami Boyden’a (CIM-Plate® 16). xCELLigence posiada trzy niezależne uchwyty na elektroniczne płytki 16-dołkowe, które mogą być sterowane i monitorowane równolegle bądź niezależnie od siebie. Analizator umieszczony w inkubatorze do hodowli komórkowych jest zasilany i sterowany za pośrednictwem kabla łączącego z komputerem zarządzającym umieszczonym poza inkubatorem. Komputer ten, wraz z dedykowanym oprogramowaniem, umożliwia monitorowanie w czasie rzeczywistym wszystkich trzech stanowisk xCELLigence, wyświetlanie danych na bieżąco oraz analizę wyników eksperymentu.

 

xCELLience® RTCA DP analyzer

The xCELLigence RTCA DP enables measuring cell proliferation, morphology change, and attachment quality in a label-free, real-time manner. The analyzer uses noninvasive electrical impedance monitoring and dedicated cell culture plates with fused gold microelectrodes. The xCELLigence can additionally make kinetic measurements of cell invasion and migration using specialized plates with electronically integrated Boyden chambers (CIM-Plate® 16). The analyzer possesses three separate cradles for electronic 16-well plates to be controlled and monitored in parallel or independently of one another. The instrument is placed in a cell culture incubator and is powered and managed via cable connected to the control unit housed outside the incubator. The control computer with a dedicated software allows real-time interfacing with all three xCELLigence cradles, on-line data display and results analysis.

Homogenizator MagNA Lyser

MagNA Lyser jest kompaktowym urządzeniem służącym do wydajnej, automatycznej homogenizacji komórek oraz innych materiałów biologicznych, z użyciem jednorazowych probówek z kulkami ceramicznymi. Homogenizator umożliwia otrzymanie supernatantów zawierających kwasy nukleinowe i białka, odpowiednich do dalszego oczyszczania, ekstrakcji lub analizy. MagNA Lyser pozwala na homogenizację do 16 prób w trakcie jednego cyklu pracy i jest wyposażony w zdejmowany rotor oraz specjalny blok chłodzący rotor w celu zabezpieczenia prób przed degradacją w trakcie przygotowania. 

 

MagNA Lyser homogenizer

The MagNA Lyser is a benchtop homogenizer for an efficient automatic disruption of cells or other biological materials, dedicated to be used with disposable vials containing ceramic beads. The instrument facilitates the production of a supernatant containing nucleic acids and proteins suitable for subsequent purification, extraction, or analysis. MagNA Lyser can homogenize up to 16 samples in one run, and it is equipped with removable rotor and a customized rotor cooling block to prevent sample degradation during setup.