Pracownia Biochemii Fizycznej | Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Pracownia Biochemii Fizycznej

czwartek, 11 sierpnia 2016 roku, 21:39

PROFIL

Pracownia Biochemii Fizycznej zajmuje się funkcjonalną analizą struktury i funkcji białek. Wykorzystując zaawansowane techniki spektroskopowe, biofizyczne i biochemiczne zespół naukowy bada zmiany strukturalne białek oraz ich wpływ na aktywność i stabilność tych związków. Jako techniki badawcze wykorzystywane są pomiary zatrzymanego przepływu (stopped-flow), mikrokalorymetrii miareczkowej i skaningowej, fluorescencyjne techniki biochemiczne i genetyczne. Zespół prowadzi tak badania podstawowe jak i aplikacyjne. Oprócz badań spektroskopowych pracownicy specjalizują się w analizach chromatograficznych z zastosowaniem chromatografii cieczowej (HPLC) oraz gazowej z detekcją masową (GC-MS).

ZESPÓŁ

Pracownia Biochemii Fizycznej

Katedra Biologii Molekularnej i Komórkowej
Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

ul. Abrahama 58, 80-307 Gdańsk

Tel.:+48 58 523 6324
 


Lista pracowników i doktorantów:

Kierownik: Prof. UG, dr hab. Bogdan Banecki [link]
Tel.:+48 58 523 63 24

dr Leszek Kadziński (wewn. 6429) [e-mail]
dr Tomasz Koper (wewn. 6429)
mgr Grzegorz Gawron (wewn. 6429) [e-mail]
mgr Paulina Werner (wewn. 6429) [e-mail]

PROJEKTY NAUKOWO-BADAWCZE

Projekty realizowane w Pracowni Biochemii Fizycznej:

Tytuł projektu Kierownik projektu Źródło finansowania Kwota Realizowany w latach
Opracowanie oraz wdrożenie nowych immunomodulujących oraz przeciwbakteryjnych nutraceutyków - wykonanie prac badawczych w projekcie realizowanym przez firmę Biovico Sp. z o.o. prof. UG, dr hab. Bogdan Banecki POIG (Działanie 1.4)    

PUBLIKACJE

  1. Jakobkiewicz-Banecka Joanna, Gabig-Ciminska Magdalena, Kloska Anna, Malinowska Marcelina, Piotrowska Ewa, Banecka-Majkutewicz Zyt, Banecki Bogdan, Wegrzyn  Alicja, Wegrzyn Grzegorz. Glycosaminoglycans and mucopolysaccharidosis type III. Frontiers in Bioscience-Landmark. 2016, 211393-1409 (doi: 10.2741/4463).

  2. Glaza Przemysław, Osipiuk Jerzy, Wenta Tomasz, Zurawa-Janicka Dorota, Jarząb Mirosław, Lesner Adam, Banecki Bogdan, Skórko-Glonek Joanna, Joachimiak Andrzej, Lipińska Barbara. Structural and functional analysis of human HtrA3 protease and its subdomains. PLoS ONE 2015, 10(6): art. no e0131142 (1-24) (doi: 10.1371/journal.pone.0131142).

  3. Grabowski Michał, Banecki Bogdan, Kadziński Leszek, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Kaźmierkiewicz Rajmund, Gabig-Cimińska Magdalena, Węgrzyn Grzegorz, Węgrzyn Alicja, Banecka-Majkutewicz Zyta. Genistein inhibits activities of methylenetetrahydrofolate reductase and lactate dehydrogenase, enzymes which use NADH as a substrate. Biochemical and Biophysical Research Communications 2015, 465(3): 363-367 (doi: 10.1016/j.bbrc.2015.08.004).

  4. Kadziński Leszek, Prokopowicz Magdalena, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Gabig-Cimińska Magdalena, Łukasiak Jerzy, Banecki Bogdan. Effect of Silicone on the Collagen Fibrillogenesis and Stability. Journal of Pharmaceutical Sciences 2015, 104(4): 1275-1281 (doi: 10.1002/jps.24351).

  5. Koper Tomasz, Polit Agnieszka, Sobiecka-Szkatula Anna, Węgrzyn Katarzyna, Scire Andrea, Figaj Donata, Kadziński Leszek, Zarzecka Urszula, Żurawa-Janicka Dorota, Banecki Bogdan, Lesner Adam, Tanfani Fabio, Lipińska Barbara, Skórko-Glonek Joanna. Analysis of the Link between the Redox State and Enzymatic Activity of the HtrA (DegP) Protein from Escherichia coli. PLoS ONE 2015, art. no e0117413 (1-24) (doi: 10.1371/journal.pone.0117413).

  6. Moskot Marta, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Kloska Anna, Smolińska Elwira, Mozolewski Paweł, Malinowska Marcelina, Rychłowski Michał, Banecki Bogdan, Węgrzyn Grzegorz, Gabig-Cimińska Magdalena. Modulation of expression of genes involved in glycosaminoglycan metabolism and lysosome biogenesis by flavonoids. Scientific Reports 2015, 5: art. no 9378 (1-13) (doi: 10.1038/srep09378).

  7. Moskot Marta, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Smolińska Elwira, Banecki Bogdan, Węgrzyn Grzegorz, Gabig-Cimińska Magdalena. Activities of genes controlling sphingolipid metabolism in human fibroblasts treated with flavonoids. Metabolic Brain Disease 2015, 30(5): 1257-1267 (doi: 10.1007/s11011-015-9705-x).

  8. Banecka-Majkutewicz Zyta, Grabowski Michał, Kadziński Leszek, Papkov Aliaksei, Węgrzyn Alicja, Banecki Bogdan. Increased levels of antibodies against heat shock proteins in stroke patients. Acta Biochimica Polonica 2014, 61(2): 379-383 (pdf).
  9. Figaj Donata, Giełdon Artur, Polit Agnieszka, Sobiecka-Szkatuła Anna, Koper Tomasz, Denkiewicz Milena, Banecki Bogdan, Lesner Adam, Ciarkowski Jerzy, Lipińska Barbara, Skórko-Glonek Joanna. The la loop as an important regulatory element of the HtrA (DegP) protease from Escherichia coli structural and functional studies. Journal of Biological Chemistry 2014, 289(22): 15880-15893 (doi: 10.1074/jbc.M113.532895).

  10. Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Gabig-Cimińska Magdalena, Banecka-Majkutewicz Zyta, Banecki Bogdan, Węgrzyn Alicja, Węgrzyn Grzegorz. Factors and processes modulating phenotypes in neuronopathic lysosomal storage diseases. Metabolic Brain Disease 2014, 29(1): 1-8 (doi: 10.1007/s11011-013-9455-6).

  11. Siwińska Joanna, Kadziński Leszek, Banasiuk Rafał, Gwizdek-Wiśniewska Anna, Olry Alexandre, Banecki Bogdan, Łojkowska Ewa, Ihnatowicz Anna. Identification of QTL affecting scopolin and scopoletin biosynthesis in Arabidopsis thalianaBMC Plant Biology 2014przyjęta do druku (doi: 10.1186/s12870-014-0280-9).

  12. Banecka-Majkutewicz Zyta, Sawuła Wojciech, Kadziński Leszek, Węgrzyn Alicja, Banecki Bogdan. Homocysteine, heat shock proteins, genistein and vitamins in ischemic stroke - pathogenic and therapeutic implications. Acta Biochimica Polonica 2012, 59(4): 495-499.

  13. Grabowski Michał, Banasiuk Rafał, Węgrzyn Alicja, Kędzierska Barbara, Lica Jan, Banecka-Majkutewicz Zyta, Banecki Bogdan. Role of heat-shock proteins and cobalamine in maintaining methionine synthase activity. Acta Biochimica Polonica 2012, 59(4): 489-493.

  14. Sznarkowska A., Maleńczyk K., Kadziński L., Bielawski K. P., Banecki B., Zawacka-Pankau J. Targeting of p53 and its homolog p73 by protoporphyrin IX. FEBS Letters 2011, 585(1): 255-260.

  15. Ferens B., Kawiak A., Banecki B., Bielawski K. P., Zawacka-Pankau J. Aberration of the enzymatic activity of Fhit tumor suppressor protein enhances cancer cell death upon photodynamic therapy similarly to that driven by wild-type Fhit. Cancer Letters 2009, 280(1): 101-109.

  16. Mrozek J., Lewandowska A., Guzow K., Malicka J., Banecki B., Wiczk W. Influence of Dab2 and Pro3 configuration of [Leu]-enkephalins on the interactions with β-cyclodextrin studied by fluorescence spectroscopy, microcalorimetry and 1H NMR spectroscopy. Journal of Inclusion Phenomena and Macrocyclic Chemistry 2009, 65(3-4): 361-375.

  17. Sawuła W., Banecka-Majkutewicz Z., Kadziński L., Jakóbkiewicz-Banecka J., Węgrzyn G., Nyka W., Banecki B. Homocysteine level and metabolism in ischemic stroke in the population of Northern Poland. Clinical Biochemistry 2009, 42(6): 442-447.

PATENTY / ZGŁOSZENIA PATENTOWE

  1. Sposób ekstrakcji sulfonamidów, metabolitów wtórnych lub związków półsyntetycznych. Zgłoszenie patentowe (UP RP) nr 402299 z dnia 2012-12-28. Twrócy: Banecki Bogdan, Banasiuk Rafał, Kadziński Leszek, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Węgrzyn Grzegorz. Zgłaszający: TCI (Gdańsk), Uniwersytet Gdański.

NAGRODY I WYRÓŻNIENIA

Prof. UG, dr hab. Bogdan Banecki był członkiem zespołu, który w roku 1994 uzyskał nagrodę zespołową Ministra Edukacji Narodowej za osiągnięcia naukowe, a w roku 1996 otrzymał stypendium START FNP. Bogdan Banecki jest promotorem jednej zakończonej rozprawy doktorskiej, której autorem jest Wojciech Sawuła (2009).

Imię i nazwisko Nazwa nagrody Przyznający Rok
prof. UG, dr hab. Bogdan Banecki Medal Komisji Edukacji Narodowej Ministerstwo Edukacji Narodowej 2009

WSPÓŁPRACA NAUKOWA

We współpracy z Katedrą Neurologii Dorosłych Wydziału Lekarskiego GUMed badane są funkcje genów MTHFR i CBS w powstawaniu hyperhomocysteinemii w aspekcie terapii i profilaktyki chorych z udarem niedokrwiennym mózgu. Czynnikiem ryzyka wystąpienia udarów naczyniowych, w tym udaru mózgowego jest hyperhomocysteinemia, czyli podwyższony poziom homocysteiny we krwi. Celem badań jest opisanie mechanizmu działania homocysteiny w organizmie. Ze wstępnych doświadczeń wynika, że białka szoku termicznego istotnie modyfikują aktywność enzymu MTHFR. Prawdopodobnie białka te mogą kompensować obecność mutacji w genie warunkującym biosyntezę tego enzymu. Fakt ten może mieć istotne znaczenie dla całego organizmu. Odtworzony w warunkach in vitro układ enzymatyczny otworzy drogę do testowania wpływu nowych pochodnych kofaktorów na aktywność MTHFR.
We współpracy z Katedrą Chemii Fizycznej GUMed zespół prowadzi badania nad skutkami ubocznymi stosowania implantów silikonowych określając wpływ liniowych i cyklicznych polisiloksanów na stabilność i strukturę białek. Odpowiedzialne za toksyczne działanie silikonów są prawdopodobnie małocząsteczkowe siloksany. Polimery małocząsteczkowe mogę być obecne w implantach, jako pozostałości (niepełna polimeryzacja) lub jako produkty biodegradacji. Celem prowadzonych badań jest scharakteryzowanie oddziaływania liniowych i cyklicznych niskocząsteczkowych polimetylosiloksanów z białkami. Przeprowadzone dotychczas badania wskazują na istotne powinowactwo silikonów do fibrynogenu oraz kolagenu, fakt ten może mieć istotne znaczenie w powstawaniu powikłań klinicznych przy stosowaniu implantów.
Pracownia współpracuje również z Pomorskim Parkiem Naukowo Technologicznym w Gdyni w zakresie zastosowań praktycznych chromatograficznych metod kontroli jakości oraz walidacji metod analitycznych.