Pracownia Biologicznej Ochrony Roślin | Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Pracownia Biologicznej Ochrony Roślin

wtorek, 25 kwietnia 2017 roku, 14:35

Laboratory of biologically active compounds

PROFIL

Badania Pracowni Biologicznej Ochrony Roślin związane są z epidemiologią bakteryjnych patogenów roślin, komunikacją pomiędzy bakteriami oraz metodami zwalczania bakteryjnych patogenów roślin z wykorzystaniem antagonistycznych bakterii strefy korzeniowej roślin (ryzosfery). W swoich badaniach koncentrujemy się na poznaniu mechanizmów warunkujących aktywność przeciwdrobnoustrojową bakterii środowiskowych, ze szczególnym uwzględnieniem bakterii ryzosfery. Nasze badania dotyczą poznania mechanizmów zachodzących pomiędzy bakteriami antagonistycznymi względem patogenów roślin, patogenami roślin oraz roślinami. Badane są molekularne podstawy przeciwbakteryjnego działania substancji produkowanych przez bakterie glebowe. Prowadzone badania zmierzają do identyfikacji genów warunkujących syntezę oraz regulację syntezy substancji przeciwdrobnoustrojowych w wybranych szczepach bakterii środowiskowych. A także zmierzające do scharakteryzowania nieopisanych substancji o aktywności przeciwbakteryjnej. Ponadto, prowadzimy badania dotyczące wyciszania sygnalizatora zagęszczenia (quorum sensing), mechanizmu istotnego w regulacji ekspresji genów warunkujących patogeniczność bakterii chorobotwórczych dla roślin.

ZESPÓŁ

Pracownia Biologicznej Ochrony Roślin

Katedra Biotechnologii
Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

ul. Abrahama 58, 80-307 Gdańsk

Tel.:+48 58 523 6360


Lista pracowników i doktorantów:

Kierownik: prof. UG, dr hab. Sylwia Jafra [e-mail]
Tel.:+48 58 523 6315

Pracownicy i doktoranci:

dr Dorota Krzyżanowska - asystent (wewn. 6316) [e-mail]
dr Magdalena Rajewska - adiunkt (wewn. 6316) [e-mail]

mgr Magdalena Jabłońska (wewn. 6317) [e-mail]
mgr Adam Ossowicki [e-mail]
mgr Marta Matuszewska
mgr Tomasz Maciąg

PROJEKTY NAUKOWO-BADAWCZE

Tytuł projektu Kierownik projektu Źródło finansowania Kwota Lata realizacji
Tło genetyczne oraz wpływ czynników środowiskowych na tworzenie biofilmu przez pożyteczny szczep bakterii Pseudomonas donghuensis P482, w warunkach biotycznych i abiotycznych Rajewska Magdalena NCN - Sonata 677 560 zł 2016-2019
Rola genu aiiO w metabolizmie Ochrobactrum sp. A44 oraz w zdolności tego szczepu do efektywnej kolonizacji roślin ziemniaka [The role of the aiiO gene in the metabolism of Ochrobactrum sp. A44 and the ability of this bacterium to efficiently colonize the potato rhizosphere]
2014/13B/NZ9/02136
Jafra Sylwia NCN - Opus 551 478 zł 2015-2018
Wykorzystanie mikroorganizmów z rodzaju PseudomonasBacillus do zwalczania bakteryjnych patogenów ziemniaka (Solanum tuberosum L.) [Application of microorganisms from Pseudomonas and Bacillus genera for the management of bacterial pathogens of potato (Solanum tuberosum L.)]
2013/08/T/NZ9/01049
Krzyżanowska Dorota NCN - Etiuda 66 107 zł 2013-2014
Czynniki warunkujące aktywność przeciwbakteryjną szczepu Pseudomonas sp. P482 względem bakteryjnych patogenów roślin z rodzajów DicekyaPectobacterium Jafra Sylwia NCN - Opus 459 400 zł 2013-2016
Zastosowanie izolatów środowiskowych Bacillus sp. w biologicznej ochronie roślin przed bakteryjnymi patogenami z rodzajów PectobacteriumDickeya
1534/B/P01/2009/37
Jafra Sylwia MNiSW - własny 323 300 zł 2009-2012
Możliwość wykorzystania bakterii antagonistycznych, roślinnych metabolitów wtórnych oraz syntetycznego peptydu CAMEL w ochronie pestkowych drzew owocowych przed patogenami z gatunków Pseudomonas syringae pv. morsprunorumPs. s. pv. syringae Jafra Sylwia MNiSW - projekt międzynarodowy niewspółfinansowany 279 700 zł 2009-2011
Charakterystyka czynnika degradującego/inaktywującego laktozy acylohomoserynowe wytwarzane przez bakterie z gatunku Pectobacterium  (Erwinia) carotovora sub. carotovora (Pcc). Biokontrola mokrej zgnilizny Jafra Sylwia KBN - własny 205 600 zł 2004-2007
Analiza wskaźnika zagęszczenia populacji u bakterii zasilających ryzosferę Łojkowska Ewa
Jafra Sylwia
127/E-335/SPUB/D2/6PR/DIE 407/2004   2004
Analysis of quorum-quenching factor(s) of bacterial isolates selected from potato rhizosphere. QUORUM QUENCHING

Łojkowska Ewa
Jafra Sylwia

6 PR UE (Marie Curie Action) 147 600 zł 2004
Interference with quorum sensing of Erwinia carotovora in the potato plant. Jafra Sylwia
Van der Wolf Jan
5 PR UE (Marie Curie Action) 295 200 zł 2001-2002

PUBLIKACJE

  1. Czajkowski RobertKaczyńska Natalia, Jafra Sylwia, Narajczyk Magdalena, Łojkowska EwaTemperature-responsive genetic loci in pectinolytic plant pathogenic Dickeya solani. Plant Pathlogy 2017, (w druku) (doi: 10.1111/ppa.12618)

  2. Ossowicki Adam, Jafra Sylwia, Garbeva Paolina. The antimicrobial volatile power of the rhizospheric isolate Pseudomonas donghuensis P482. PLOS ONE 2017 (w druku) (doi: 10.1371/journal.pone.0174362)

  3. Krzyżanowska Dorota MOssowicki AdamRajewska MagdalenaMaciag TomaszJabłonska  MagdalenaObuchowski Michał, Heeb Stephan, Jafra  Sylwia.  When Genome-Based Approach Meets the "Old but Good": Revealing Genes Involved in the Antibacterial Activity of Pseudomonas sp P482 against Soft Rot Pathogens. Frontiers in Microbiology 2016 , 7: 782 (doi: 10.3389/fmicb.2076.00782)

  4. Adam Eveline, Groenenboom Anneloes, Kurm Viola, Rajewska Magdalena,  Schmidt Ruth, Tyc Olaf, Weidner Simone, Berg Gabriele, de Boer Wietse, Falcão Salles Joana. Controlling the microbiome: microhabitat adjustments for successful biocontrol strategies in soil and human gut. Frontiers in Microbiology 2016, 7: 1079 (doi: 10.3389/fmicb.2016.01079)

  5. Czajkowski Robert, Ozymko Zofia, de Jager Victor, Siwińska Joanna, Smolarska Anna, Ossowicki Adam, Narajczyk Magdalena, Łojkowska Ewa. Genomic, Proteomic and Morphological Characterization of Two Novel Broad Host Lytic Bacteriophages ΦPD10.3 and ΦPD23.1 Infecting Pectinolytic Pectobacterium spp. and Dickeya spp. PLoS ONE 2015, 10(3): art. no e0119812 (1-23) (doi: 10.1371/journal.pone.0119812)

  6. Song Chunxu, Schmidt Ruth, de Jager Victor, Krzyżanowska Dorota, Jongedijk Esmer, Cankar Katarina, Beekwilder Jules, van Veen Anouk, de Boer Wietse, van Veen Johannes A., Garbeva Paolina. Exploring the genomic traits of fungus-feeding bacterial genus Collimonas. BMC Genomics 2015, 16(1): art. no 1103 (1-17) (doi: 10.1186/s12864-015-2289-3).

  7. Czajkowski Robert, Perombelon M. C. M., Jafra Sylwia, Łojkowska Ewa, Potrykus Marta, van der Wolf Jan M., Śledź Wojciech. Detection, identification and differentiation of Pectobacterium and Dickeya species causing potato blackleg and tuber soft rot: a review. Annals of Applied Biology 2015, 166(1): 18-38 (doi: 10.1111/aab.12166).

  8. Krzyżanowska Dorota M., Ossowicki Adam, Jafra Sylwia. Genome sequence of Pseudomonas sp. strain P482, a tomato rhizosphere isolate with broad-spectrum antimicrobial activity. Genome Announcements 2014, 2(3): art. no e00394/14  (1-2) (doi: 10.1128/genomeA.00394-14).

  9. Czajkowski Robert, de Boer Waldo, van der Zouwen Patricia, Kastelein Pieter, Jafra Sylwia, de Haan Eisse, Bovenkamp Ge, van der Wolf Jan. Virulence of Dickeya solani and Dickeya dianthicola biovars 1 and 7 strains on potato (Solanum tuberosum). Plant Pathology 2013, 62(3): 597-610.

  10. Krzyżanowska Dorota M., Iwanicki Adam, Ossowicki Adam, Obuchowski Michał, Jafra Sylwia. Genome sequence of Bacillus subtilis MB73/2, a soil isolate inhibiting the growth of plant pathogens Dickeya spp. and Rhizoctonia solani. Genome Announcements 2013, 1(3): art. no. e00238-13 (1-2).

  11. Golanowska Małgorzata, Ankiewicz Hanna, Taraszkiewicz Aleksandra, Kamysz Wojciech, Czajkowski Robert, Królicka Aleksandra, Jafra Sylwia. Combined effect of the antagonistic potential of selected Pseudomonas spp. strains and the synthetic peptide “CAMEL” on Pseudomonas syringae pv. syringae and P. syringae pv. morsprunorum. Journal of Plant Pathology 2012, 94(Suppl. 1): S1.69-S1.73.

  12. Krzyżanowska Dorota M., Potrykus Marta, Golanowska Małgorzata, Polonis Katarzyna, Gwizdek-Wiśniewska Anna, Łojkowska Ewa, Jafra Sylwia. Rhizosphere bacteria as potential biocontrol agents against soft rot caused by various Pectobacterium and Dickeya spp. strains. Journal of Plant Pathology 2012, 94(2): 367-378.

  13. Krzyżanowska Dorota, Obuchowski Michał, Bikowski Mariusz, Rychłowski Michał, Jafra Sylwia. Colonization of potato rhizosphere by GFP-tagged Bacillus subtilis MB73/2, Pseudomonas sp. P482 and Ochrobactrum sp. A44 shown on large sections of root using enrichment sample preparation and confocal laser scanning microscopy. Sensors 2012, 12(12): 17608-17619.

  14. Taraszkiewicz A., Jafra S., Skrzypczak A., Kamiński M., Królicka A. Antibacterial activity of secondary metabolites from in vitro culture of Drosera gigantea against the plant pathogenic bacteria Pseudomonas syringae pv. syringae and P. syringae pv. morsprunorum. Journal of Plant Pathology 2012, 94(Suppl. 1): S1.63-S1.68.

  15. Czajkowski R., Krzyżanowska D., Karczewska J., Atkinson S., Przysowa J., Łojkowska E., Williams P., Jafra S. Inactivation of AHLs by Ochrobactrum sp. A44 depends on the activity of a novel class of AHL acylase. Environmental Microbiology Reports 2011, 3(1): 59-68.

  16. Czajkowski R., Jafra S. Quenching of acyl-homoserine lactone-dependent quorum sensing by enzymatic disruption of signal molecules. Acta Biochimica Polonica 2009, 56(1): 1-16

  17. Jafra Sylwia, Przysowa Joanna, Gwizdek-Wiśniewska Anna, van der Wolf Jan Potential of bulb-associated bacteria for biocontrol of hyacinth soft rot caused by Dickeya zeae. Journal of Applied Microbiology 2009, 106(1): 268-277.

  18. Poddębniak Mateusz, Jafra Sylwia Biodegradacyjna i bioadsorpcyjna zdolność bakterii z rodzaju Ochrobactrum i możliwość jej wykorzystania w bioremediacji środowiska naturalnego [Ability for biodegradation and bioadsorption of the bacteria from Ochrobactrum genus important in bioremediatio. Biotechnologia 2009, 4(87): 152-167.

  19. Jafra S., Przysowa J., Czajkowski R., Michta A., Garbeva P., and van der Wolf J. M. Detection and characterization of N-acyl homoserine lactone-degrading bacteria from the potato rhizosphere. Canadian Journal of Microbiology, 2006, 52: 1006-1015.

  20. Jafra S., Jalink H., van der Schoor R., van der Wolf. J.M. Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum strains show diversity in production of and response to N-acyl Homoserine Lactones". Journal of Phytopathology 2006, 154: 729-739.

  21. Lorenc- Kukuła K,  Jafra S, Oszmiański J, Kulma A, Szopa J. Ectopic expression of anthocyanin 5-O-glucosyltransferase in potato tuber causes increased resistance to Bacteria. Journal of Agricultural and Food Chemistry 2005, 53: 272-281.

  22. Jafra S., van der Wolf J. M. Fast screening method for detection of acyl-HSL-degrading soil isolates. J. Microbiological Methods 2004, 57: 415-420.

  23. Śledź W., Jafra S., Waleron M., Łojkowska E. Genetic diversity of Erwinia carotovora strains isolated from infected plants growing in Poland. OEPP/EPPO Bulletin.  2000, 30 (3/4): 403-408.

  24. Jafra S., Figura I., Hugouvieux-Cotte-Pattat N., Łojkowska N. Expression of Erwinia chrysanthemi pectinase gene pelL, pelI and pelZ during infection of potato tubers. Mol. Plant-Microbe Interact. 1999, 12(10): 845-851.

NAGRODY I WYRÓŻNIENIA

Imię i nazwisko Nazwa nagrody Przyznający Rok
prof. UG, dr hab. Sylwia Jafra Nagroda in. Krzysztofa C. Mrongowiusza dla Nauczycieli Akademickich UG 2013
prof. UG, dr hab. Sylwia Jafra Nagroda Rektora I stopnia za osiągnięcia dydaktyczne Rektor UG 2013
mgr Dorota Krzyżanowska Stypendium Pomorskiej Specjalnej Strefy Ekonomicznej PSSE 2013
mgr Dorota Krzyżanowska Stypendium doktorskie ETIUDA NCN 2013
prof. UG, dr hab. Sylwia Jafra Medal Komisji Edukacji Narodowej Ministerstwo Edukacji Narodowej 2010
prof. UG, dr hab. Sylwia Jafra Nagroda Rektora II Stopnia za osiągnięcia dydaktyczne UG 2005

WSPÓŁPRACA NAUKOWA

Pracownia Biologicznej Ochrony Roślin współpracuje z zespołami dr Jana van der Wolfa z Plant Research International w Wageningen, Holandia; dr Paoliny Garbeva z Nederlands Instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW) w Wageningen, Holandia; prof. Paula Williamsa z Centre for Biomolecular Sciences, University of Nottingham, Wielka Brytania.

We współpracy z wymienionymi zespołami realizowane były projekty z 5. i 6. PR UE, projekty dwustronne polsko-holenderskie oraz projekty w ramach Europejskiego Programu Współpracy w Dziedzinie Badań Naukowo-Technicznych: COST 873. Prace badawcze finansowane są przez MNiSW i NCN.