Zakład Bakteriologii Molekularnej | Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Zakład Bakteriologii Molekularnej

piątek, 13 października 2017 roku, 12:31

PROFIL

Badania prowadzone w Zakładzie Bakteriologii Molekularnej koncentrują się wokół następujących zagadnień:

  • badania mechanizmu regulacji aktywności oraz rozpoznawania substratu kinazy białkowej PrkC pochodzącej z komórek Bacillus subtilis,
  • analiza fizjologiczna funkcji fosfatazy białkowej PrpE z Bacillus subtilis, uczestniczącej w wytwarzaniu przetrwalników,
  • wykorzystanie przetrwalników B. subtilis, jako uniwersalnych nośników peptydów i białek w biotechnologii,
  • opracowanie jadalnej szczepionki wykorzystującej przetrwalniki B. subtilis przeciwko Helicobacter pylori oraz Clostridium difficile,
  • analiza potencjału antybakteryjnego modyfikowanych pentapeptydów,
  • opracowanie szybkiej i efektywnej metody wykrywania bakterii Acinetobacter baumannii.

ZESPÓŁ

Zakład Bakteriologii Molekularnej

Katedra Biotechnologii Medycznej
Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed
ul. Dębinki 1, 80-211 Gdańsk
Tel.: +48 58 3491435
Fax: +48 58 3491445


Pracownicy:

Kierownik: prof. dr hab. Michał Obuchowski [link]
Tel.: +48 58 3491484, [e-mail]

Dr hab. Krzysztof Hinc (wewn. 1412) [e-mail] 
Dr Adam Iwanicki (wewn. 1411) [e-mail]

Doktoranci:

Mgr Anna Grela (wewn.1412) [e-mail]
Mgr Wojciech Potocki (wewn.1412) [e-mail]
Mgr Tomasz Łęga
Mgr Marta Hubisz

PROJEKTY NAUKOWO-BADAWCZE

Tytuł projektu Kierownik projektu Źródło finansowania Kwota Realizowany w latach
Mechanizm działania receptora GerA w przetrwalnikach B. subtilis Obuchowski Michal NCN - Harmonia 828 000 zł 2015-2018
Fosforylacja białka GerAA jako możliwy mechanizm regulujący aktywność receptora kiełkowania GerA przetrwalników Bacillus subtilis Grela Anna NCN - Preludium 124 000 zł 2015-2017
Które regiony bialka CotX są niezbędne do jego prawidłowej lokalizacji na powierzchni płaszcza przetrwalników Bacillus subtilis? Potocki Wojciech NCN - Preludium 100 000 zł 2015-2017
Analiza ekspresji genu kodującego białkową fosfatazę PrpE Bacillus subtilis Anchimiuk Anna MNiSW - Diamentowy Grant 128 150 zł 2013-2015
Rekombinowane endospory Bacillus subtilis jako jadalna szczepionka przeciw zakażeniom Clostridium difficile Hinc Krzysztof NCBiR - LIDER 893 750 zł 2011-2014
Oral vaccine delivery system based on spores of Bacillus subtilis Hinc Krzysztof FNP - HOMING PLUS 318 000 zł 2011-2013
Przetrwalniki B. subtilis jako nośniki antygenów w doustnych szczepionkach Obuchowski Michał MNiSW - rozwojowy 659 400 zł 2010-2013
Doustna immunizacja przeciwko H. pylori rekombinowanymi przetrwalnikami B. subtilis Obuchowski Michał MNiSW - własny 300 000 zł 2010-2013
Rola fosfatazy białkowej PrpE w powstawaniu i kiełkowaniu przetrwalników Bacillus subtilis Obuchowski Michał MNiSW - własny 677 500 zł 2010-2013
Identyfikacja czynnika wydzielanego przez komórki B. subtilis odpowiedzialnego za zahamowanie wzrostu Dickeya dianthicola Obuchowski Michał MNiSW - promotorski 50 000 zł 2009-2011
The Bacillus subtilis spore as a new mucosal vaccine vehicle Hinc Krzysztof MNiSW 256 000 zł 2008-2010
Badanie funkcji oraz analiza regulacji ekspresji genu yxaB kodującego enzym uczestniczący w syntezie egzopolisacharydu Bacillus subtilis Obuchowski Michał MNiSW - promotorski 59 150 zł 2007-2009
Rola ogólnej odpowiedzi na stres oraz pary enzymów PrkC-PrpC w formowaniu biofilmu - społecznej formy życia bakterii Bacillus subtilis Obuchowski Michał MNiSW - własny 290 600 zł 2006-2009
Mikroorganizmy i związki naturalnego pochodzenia potencjalnie przydatne w uprawie roślin oraz mechanizmy ich oddziaływania Obuchowski Michał MNiSW 300 000 zł 2005-2008

PUBLIKACJE

  1. Rostami Amin, Hinc Krzysztof , Goshadrou Fatemeh, Shali Abbas,  Bayat Mandieh, Hassanzadeh Malihe, Amanlou Massoud, Eslahi Negin, Ahmadian Gholamreza. Display of B-pumilus chitinase on the surface of B-subtilis spore as a potential biopesticide. Pesticide Biochemistry and Physiology 2017, 140: 17-23 (doi: 10.1016/j.pestbp.2017.05.008)     

  2. Potocki Wojciech, Negri Alessandro, Peszyńska‑Sularz Grażyna, Hinc Krzysztof, Obuchowski Michał, Iwanicki Adam. The combination of recombinant and non-recombinant Bacillus subtilis spore display technology for presentation of antigen and adjuvant on single spore. Microbial Cell Factories 2017, 16: 151 (doi: 10.1186/s12934-017-0765-y)

  3. Łęga Tomasz, Weiher Paulina, Obuchowski Michał, Nidzworski Dawid. Presenting Influenza A M2e Antigen on Recombinant Spores of Bacillus subtilis. PLOS ONE 2016, 11(11): e0167225 (doi: 10.1371/journal.pone.0167225)

  4. Mnich Eliza, Kowalewicz-Kulbat Magdalena, Sicinska, Paulina, Hinc KrzysztofObuchowski Michał, Gajewski  Adrian, Moran  Anthony P., Chmiela Magdalena. Impact of Helicobacter pylori on the healing process of the gastric barrier. World Journal of Gastroenterology 2016, 22(33):  7536-7558 (doi: 10.3748/wjg.v22.i33.7536)

  5. Krzyżanowska Dorota M, Ossowicki Adam, Rajewska Magdalena, Maciag Tomasz, Jabłonska  Magdalena, Obuchowski  Michal, Heeb Stephan, Jafra  Sylwia.  When Genome-Based Approach Meets the "Old but Good": Revealing Genes Involved in the Antibacterial Activity of Pseudomonas sp P482 against Soft Rot Pathogens. Frontiers in Microbiology 2016 , 7: 782 (doi: 10.3389/fmicb.2076.00782)

  6. Gajewski Adrian, Mnich Eliza, Szymański Karol, Hinc Krzysztof, Obuchowski Michał, Moran Anthony P., Chmiela Magdalena. Helicobacter pylori antigens, acetylsalicylic acid, LDL and 7-ketocholesterol - their potential role in destabilizing the gastric epithelial cell barrier. An in vitro model of Kato III cells. Acta Biochimica Polonica 2016, 63(1): 145-152 (doi: 10.18388/abp.2015_1122).

  7. Mnich Eliza, Gajewski Adrian, Rudnicka Karolina, Gonciarz Weronika, Stawerski Paweł, Hinc KrzysztofObuchowski Michał, Chmiela Magdalena. Immunoregulation of antigen presenting and secretory functions of monocytic cells by Helicobacter pylori antigens in relation to impairment of lymphocyte expansion. Acta Biochimica Polonica 2015, 62(4): 641-650 (doi:10.18388/abp.2015_1045)

  8. Kosikowska Paulina, Pikula Michał, Langa Paulina, Trzonkowski Piotr, Obuchowski Michał, Lesner Adam. Synthesis and Evaluation of Biological Activity of Antimicrobial – Pro-Proliferative Peptide Conjugates. PLoS ONE 2015, 10(10): art. no e0140377 (1-16) (doi: 10.1371/journal.pone.0140377).

  9. Stasiłojć Małgorzata, Hinc Krzysztof, Peszyńska-sularz Grażyna, Obuchowski Michał, Iwanicki Adam. Recombinant Bacillus subtilis spores elicit Th1/Th17-polarized immune response in a murine model of Helicobacter pylori vaccination. Molecular Biotechnology 2015, 57(8): 685-691 (doi: 10.1007/s12033-015-9859-0).

  10. Hinc Krzysztof, Stasiłojć Małgorzata, Piątek Iwona, Peszyńska-Sularz Grażyna, Isticato Rachele, Ricca Ezio, Obuchowski Michał, Iwanicki Adam. Mucosal adjuvant activity of IL-2 presenting spores of Bacillus subtilis in a murine model of Helicobacter pylori vaccination. PLoS ONE 2014, 9(4): art. no e95187 (1-9) (doi: 10.1371/journal.pone.0095187).

  11. Iwanicki Adam, Piątek Iwona, Stasiłojć Małgorzata, Grela Anna, Łęga Tomasz, Obuchowski Michał, Hinc Krzysztof. A system of vectors for Bacillus subtilis spore surface display. Microbial Cell Factories 2014, 13: art. no 30: (1-9) (doi: 10.1186/1475-2859-13-30).
  12. Golec P., Karczewska-Golec J., Voigt B., Albrecht D., Schweder T., Hecker M., Węgrzyn G., Łoś M. Proteomic profiles and kinetics of development of bacteriophage T4 and its rI and rIII mutants in slowly growing Escherichia coli. Journal of General Virology 2013, 94(Pt 4): 896-905.

  13. Hinc Krzysztof, Iwanicki Adam, Obuchowski Michał. New stable anchor protein and peptide linker suitable for successful spore surface display in B. subtilis. Microbial Cell Factories 2013, 12: art. no 22 (1-8).

  14. Iwanicki Adam, Hinc Krzysztof, Ronowicz Anna, Piotrowski Arkadiusz, Wołoszyk Aleksandra, Obuchowski Michał. A genome-wide transcriptional profiling of sporulating Bacillus subtilis strain lacking PrpE protein phosphatase. Molecular Genetics and Genomics 2013, 288(10): 469-481.

  15. Krzyżanowska Dorota M., Iwanicki Adam, Ossowicki Adam, Obuchowski Michał, Jafra Sylwia. Genome sequence of Bacillus subtilis MB73/2, a soil isolate inhibiting the growth of plant pathogens Dickeya spp. and Rhizoctonia solani. Genome Announcements 2013, 1(3): art. no. e00238-13 (1-2).

  16. Negri Alessandro, Potocki Wojciech, Iwanicki Adam, Obuchowski Michał, Hinc Krzysztof. Expression and display of Clostridium difficile protein FliD on the surface of Bacillus subtilis spores. Journal of Medical Microbiology 2013, 62(Pt 9): 1379-1385.

  17. Sączewski Jarosław, Hinc Krzysztof, Obuchowski Michał, Gdaniec Maria. The tandem mannich-electrophilic amination reaction: a versatile platform for fluorescent probing and labeling. Chemistry-A European Journal 2013, 19(35): 11531-11535.

  18. Tavassoli S., Hinc K., Iwanicki A., Obuchowski M., Ahmadian G. Investigation of spore coat display of Bacillus subtilis β-galactosidase for developing of whole cell biocatalyst. Archives of Microbiology 2013, 195(3): 197-202.

  19. Golec Piotr, Karczewska-Golec Joanna, Łoś Marcin, Węgrzyn Grzegorz. Novel ZnO-binding peptides obtained by the screening of a phage display peptide library. Journal of Nanoparticle Research 2012, 14(11): art. no. 1218 (1-6).

  20. Krzyżanowska Dorota, Obuchowski Michał, Bikowski Mariusz, Rychłowski Michał, Jafra Sylwia. Colonization of potato rhizosphere by GFP-tagged Bacillus subtilis MB73/2, Pseudomonas sp. P482 and Ochrobactrum sp. A44 shown on large sections of root using enrichment sample preparation and confocal laser scanning microscopy. Sensors 2012, 12(12): 17608-17619.

  21. Gruszczyński P., Smalara K., Obuchowski M., Kaźmierkiewicz R. ATP and its N6-substituted analogues: parameterization, molecular dynamics simulation and conformational analysis. Journal of Molecular Modeling 2011, 17(5): 1081-1090.

  22. Obuchowski Michał, Hinc Krzysztof. Przetrwalniki Bacillus subtilis - nośniki jadalnych szczepionek. Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski 2011, 7-8: 39.

  23. Gruszczyński Paweł, Obuchowski Michał, Kaźmierkiewicz Rajmund. Phosphorylation and ATP-binding induced conformational changes in the PrkC, Ser/Thr kinase from B. subtilis. Journal of Computer-Aided Molecular Design 2010, 24(9): 733-747.

  24. Hinc Krzysztof, Ghandili Soheila, Karbalaee Gholamreza, Shali Abbas, Akbari Noghabi Kambiz, Ricca Ezio, Ahmadian Gholamreza. Efficient binding of nickel ions to recombinant Bacillus subtilis spores. Research in Microbiology 2010, 161(9): 757-764.

  25. Hinc Krzysztof, Isticato Rachele, Dembek Marcin, Karczewska Joanna, Iwanicki Adam, Peszyńska-Sularz Grażyna, De Felice Maurilio, Obuchowski Michał, Ricca Ezio. Expression and display of UreA of Helicobacter acinonychis on the surface of Bacillus subtilis spores. Microbial Cell Factories 2010, 9: art. 2 (1-11).

  26. Macur Katarzyna, Bączek Tomasz, Kaliszan Roman, Temporini Caterina, Corana Federica, Massolini Gabriella, Grzenkowicz-Wydra Jolanta, Obuchowski Michał. Correctness of protein identifications of Bacillus subtilis proteome with the indication on potential false positive peptides supported by predictions of their retention times. Journal of Biomedicine and Biotechnology 2010, art. 718142: 1-13.

  27. Macur Katarzyna, Temporini Caterina, Massolini Gabriella, Grzenkowicz-Wydra Jolanta, Obuchowski Michał, Bączek Tomasz. Proteomic analysis of small acid soluble proteins in the spore core of Bacillus subtilis ΔprpE and 168 strains with predictions of peptides liquid chromatography retention times as an additional tool in protein identification. Proteome Science 2010, 8 (art. 60): 1-8.

  28. Nagórska K., Ostrowski A., Hinc K., Holland I.B., Obuchowski M. Importance of eps genes from Bacillus subtilis in biofilm formation and swarming. Journal of Applied Genetics 2010, 51(3): 369-381.

  29. Absalon C., Obuchowski M., Madec E., Delattre D., Holland I.B., Seror S.J. CpgA, EF-Tu and the stressosome protein YezB are substrates of the Ser/Thr kinase/phosphatase couple, PrkC/PrpC, in Bacillus subtilis. Microbiology-SGM 2009, 155(3): 932-943.

  30. Hamze K., Julkowska D., Autret S., Hinc K., Nagórska K., Sekowska A., Holland I.B., Seror S.J. Identification of genes required for different stages of dendritic swarming in Bacillus subtilis, with a novel role for phrC. Microbiology-SGM 2009, 155(2): 398-412.

PATENTY / ZGŁOSZENIA PATENTOWE

  1. Wektory integracyjne, komórka gospodarza transformowana wektorem integracyjnym oraz zastosowanie wektorów integracyjnych i komórki gospodarza do prezentowania fuzyjnych białek na powierzchni przetrwalników Bacillus subtilis. Zgłoszenie patentowe (UP RP) nr 406271 z dnia 2013-11-26. Twórcy: Piątek Iwona, Stasiłojć Małgorzata, Hinc Krzysztof, Iwanicki Adam, Obuchowski Michał. Zgłaszający: Gdański Uniwersytet Medyczny.

  2. New probes for the detection of Acinetobacter baumannii, oligonucleotide primers, and the method and kit for the analysis of medical and environmental samples. Zgłoszenie patentowe nr PCT/PL2013/000130 z dnia 2013-10-04. Twórcy: Piątek Iwona, Dąbrowiecka M., Dąbrowiecki Z., Obuchowski Michał. Zgłaszający: Gdański Uniwersytet Medyczny, Wojskowy Instytut Medyczny (Warszawa).

  3. Wektory integracyjne, komórka gospodarza transformowana wektorem integracyjnym oraz zastosowanie wektorów integracyjnych i komórki gospodarza do prezentowania fuzyjnych białek na powierzchni przetrwalników Bacillus subtilis. Zgłoszenie patentwe (UP RP) nr 403468 z dnia 2013-04-08. Twórcy: Grela Anna, Łęga Tomasz, Hinc Krzysztof, Iwanicki Adam, Obuchowski Michał. Zgłaszający: Gdański Uniwersytet Medyczny.

  4. Oral vaccinec containing the Bacillus subtilis spores and its application to immunise against Helicobacter pylori. Zgłoszenie patentowe nr PCT/PL2013/000040 z dnia 2013-03-27. Twórcy: Hinc Krzysztof, Obuchowski Michał, Ricca Ezio. Zgłaszający: Gdański Uniwersytet Medyczny.

  5. Doustna kompozycja immunogenna przeciwko zakażeniom Clostridium difficile, zastosowanie przetrwalników Bacillus subtilis jako nośników dla antygenów oraz wyodrębione rekombinowane geny kodujące białka płaszcza i antygeny FliA oraz FbpA. Zgłoszenie patentowe (UP RP) nr 402193 z dnia 2012-12-21. Twórcy: Negri Alessandro, Potocki Wojciech, Iwanicki Adam, Obuchowski Michał, Hinc Krzysztof. Zgłaszający: Gdański Uniwersytet Medyczny.

  6. Nowe sondy do wykrywania bakterii z gatunku Acinetobacter baumannii, oligonukleotydowe startery, sposób oraz zestaw do analizy próbek medycznych i środowiskowych. Zgłoszenie patentowe (UP RP) nr 401061 z dnia 2012-10-04. Twórcy: Piątek Iwona, Dąbrowiecka Małgorzata, Dąbrowiecki Zbigniew, Obuchowski Michał. Zgłaszający: Gdański Uniwersytet Medyczny, Wojskowy Instytut Medyczny (Warszawa).

  7. Doustna szczepionka zawierająca przetrwalniki Bacillus subtilis oraz jej zastosowanie do immunizacji przeciwko Helicobacter pylori. Zgłoszenie patentowe (UP RP) nr 398658 z dnia 2012-03-29. Twórcy: Hinc Krzysztof, Ricca Ezio, Michał Obuchowski. Zgłaszający: Gdański Uniwersytet Medyczny.

NAGRODY I WYRÓŻNIENIA

Imię i nazwisko Nazwa nagrody Przyznający Rok
Dr hab. Krzysztof Hinc, dr Adam Iwanicki, prof. dr hab. Michał Obuchowski, mgr Alekssandro Nergi, mgr Wojciech Potocki, mgr Anna Grela, mgr Tomasz Łęga, lek. wet. Grażyna Peszyńska-Sularz, mgr Rachele Isticato, dr Ezio Ricca Nagroda zespołowa za osiągnięcia naukowe stopnia I za badania nad przetrwalnikami jako nośnikiem antygenów w szczepieniach ochronnych Rektor GUMed 2015
dr Krzysztof Hinc, dr Adam Iwanicki, dr hab. Michał Obuchowski, mgr Alessandro Negri, mgr Wojciech Potocki, mgr Dorota Krzyżanowska, dr hab. Sylwia Jafra, mgr Anna Ronowicz, dr hab. Arkadiusz Piotrowski, Aleksandra Wołoszyk Nagroda zespołowa za osiągnięcia naukowe stopnia I za badania nad biologią Laseczki siennej i ich praktycznym wykorzystaniem Rektor GUMed 2014
Iwona Piątek InnoDoktorant Urząd Marszałkowski Województwa Pomorskiego 2014
Wojciech Potocki InnoDoktorant Urząd Marszałkowski Województwa Pomorskiego 2014
zespołowa Nagroda za osiągnięcia naukowe Rektor GUMed 2011
zespołowa Nagroda za osiągnięcia naukowe Rektor GUMed 2010
Michał Obuchowski Nagroda im. Mrongowiusza Rektor UG 2010
zespołowa Nagroda za osiągnięcia naukowe Rektor GUMed 2009
Michał Obuchowski Nagroda za osiągnięcia naukowe Rektor GUMed 2007

WSPÓŁPRACA NAUKOWA

Pracownicy Zakładu współpracują z:

  • Prof. Ezio Ricca, Department of Biology, Federico II University of Naples, Italy – prezentacja heterologicznych białek na powierzchni przetrwalników Bacillus subtilis
  • Prof. Peter Setlow, Department of Molecular, Microbial and Structural Biology, University of Connecticut Health Center, USA – mechanism kiełkowania przetrwalników Bacillus subtilis
  • Prof. Neil F. Fairweather, Dept. of Biological Sciences, Imperial College London, UK – mechanism patogenności Clostridium difficile
  • Prof. Wiesława Rudnicka, Prof. Magdalena Mikołajczyk-Chmiela, Wydział Biologii i Ochrony Środowiska, Uniwersytet Łódzki – mechanizm patogenności Helicobacter pylori
  • dr hab. Piotr Trzonkowski, Zakład Immunologii Klinicznej i Transplantologii; Wydział Lekarski; GUMed – analiza odpowiedzi immunologicznej
  • dr Katarzyna Guzow, Pracownią Fizykochemii Organicznej UG – testowanie peptydowych pochodnych benzoksazolu jako nowych substancji o działaniu antybakteryjnym.
  • dr Zbigniew Dąbrowiecki, Wojskowy Instytut Medyczny – opracowanie i przetestowania szybkiego testu do wykrywania obecności bakterii Acinetobacter baumannii
  • dr hab. Arkadiusz Piotrowski, Katedra i Zakład Biologii i Botaniki Farmaceutycznej GUMed – analiza transkryptomu Bacillus subtilis