Pracownia Biochemii Fizycznej | Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Pracownia Biochemii Fizycznej

piątek, 13 października 2017 roku, 12:09

PROFIL

Pracownia Biochemii Fizycznej zajmuje się funkcjonalną analizą struktury i funkcji białek. Wykorzystując zaawansowane techniki spektroskopowe, biofizyczne i biochemiczne zespół naukowy bada zmiany strukturalne białek oraz ich wpływ na aktywność i stabilność tych związków. Jako techniki badawcze wykorzystywane są pomiary zatrzymanego przepływu (stopped-flow), mikrokalorymetrii miareczkowej i skaningowej, fluorescencyjne techniki biochemiczne i genetyczne. Zespół prowadzi tak badania podstawowe jak i aplikacyjne. Oprócz badań spektroskopowych pracownicy specjalizują się w analizach chromatograficznych z zastosowaniem chromatografii cieczowej (HPLC) oraz gazowej z detekcją masową (GC-MS).

ZESPÓŁ

Pracownia Biochemii Fizycznej

Katedra Biologii Molekularnej i Komórkowej
Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

ul. Abrahama 58, 80-307 Gdańsk

Tel.:+48 58 523 6324
 


Lista pracowników i doktorantów:

Kierownik: Prof. UG, dr hab. Bogdan Banecki [link]
Tel.:+48 58 523 63 24

dr Leszek Kadziński (wewn. 6429) [e-mail]

mgr Grzegorz Gawron (wewn. 6429) [e-mail]
mgr Paulina Tomiczek (wewn. 6429) [e-mail]

PROJEKTY NAUKOWO-BADAWCZE

Projekty realizowane w Pracowni Biochemii Fizycznej:

Tytuł projektu Kierownik projektu Źródło finansowania Kwota Realizowany w latach
Opracowanie oraz wdrożenie nowych immunomodulujących oraz przeciwbakteryjnych nutraceutyków - wykonanie prac badawczych w projekcie realizowanym przez firmę Biovico Sp. z o.o. prof. UG, dr hab. Bogdan Banecki POIG (Działanie 1.4)    

PUBLIKACJE

  1. Mozolewski Paweł, Moskot Marta, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Węgrzyn Grzegorz, Bocheńska Katarzyna, Banecki Bogdan, Gabig-Cimińska Magdalena. Nonsteroidal anti-inflammatory drugs modulate cellular glycosaminoglycan synthesis by affecting EGFR and PI3K signaling pathways. Scientific Reports 2017, 7: 43154 (doi: 10.1038/srep43154)

  2. Śledz Wojciech, Żołędowska Sabina, Motyka AgataKadziński Leszek, Banecki Bogdan. Growth of bacterial phytopathogens in animal manures. Acta Biochimica Polonica 2017, 64(1): 151-159 (doi: 10.18388/abp.2016_1389)

  3. Jakobkiewicz-Banecka Joanna, Gabig-Ciminska Magdalena, Kloska Anna, Malinowska Marcelina, Piotrowska Ewa, Banecka-Majkutewicz Zyt, Banecki Bogdan, Wegrzyn  Alicja, Wegrzyn Grzegorz. Glycosaminoglycans and mucopolysaccharidosis type III. Frontiers in Bioscience-Landmark. 2016, 211393-1409 (doi: 10.2741/4463).

  4. Grabowski MichałBanecki BogdanKadziński Leszek, Jakobkiewicz-Banecka JoannaGabig-Ciminska  Magdalena, Wegrzyn Alicja, Wegrzyn Grzegorz, Banecka-Majkutewicz, Zyta. The model homologue of the partially defective human 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase, considered as a risk factor for stroke due to increased homocysteine level, can be protected and reactivated by heat shock proteins. Metabolic Brain Disease 2016 31(5):1041-1045 (DOI: 10.1007/s11011-016-9844-8)

  5. Glaza Przemysław, Osipiuk Jerzy, Wenta Tomasz, Zurawa-Janicka Dorota, Jarząb Mirosław, Lesner Adam, Banecki Bogdan, Skórko-Glonek Joanna, Joachimiak Andrzej, Lipińska Barbara. Structural and functional analysis of human HtrA3 protease and its subdomains. PLoS ONE 2015, 10(6): art. no e0131142 (1-24) (doi: 10.1371/journal.pone.0131142).

  6. Grabowski Michał, Banecki Bogdan, Kadziński Leszek, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Kaźmierkiewicz Rajmund, Gabig-Cimińska Magdalena, Węgrzyn Grzegorz, Węgrzyn Alicja, Banecka-Majkutewicz Zyta. Genistein inhibits activities of methylenetetrahydrofolate reductase and lactate dehydrogenase, enzymes which use NADH as a substrate. Biochemical and Biophysical Research Communications 2015, 465(3): 363-367 (doi: 10.1016/j.bbrc.2015.08.004).

  7. Kadziński Leszek, Prokopowicz Magdalena, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Gabig-Cimińska Magdalena, Łukasiak Jerzy, Banecki Bogdan. Effect of Silicone on the Collagen Fibrillogenesis and Stability. Journal of Pharmaceutical Sciences 2015, 104(4): 1275-1281 (doi: 10.1002/jps.24351).

  8. Koper Tomasz, Polit Agnieszka, Sobiecka-Szkatula Anna, Węgrzyn Katarzyna, Scire Andrea, Figaj Donata, Kadziński Leszek, Zarzecka Urszula, Żurawa-Janicka Dorota, Banecki Bogdan, Lesner Adam, Tanfani Fabio, Lipińska Barbara, Skórko-Glonek Joanna. Analysis of the Link between the Redox State and Enzymatic Activity of the HtrA (DegP) Protein from Escherichia coli. PLoS ONE 2015, art. no e0117413 (1-24) (doi: 10.1371/journal.pone.0117413).

  9. Moskot Marta, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Kloska Anna, Smolińska Elwira, Mozolewski Paweł, Malinowska Marcelina, Rychłowski Michał, Banecki Bogdan, Węgrzyn Grzegorz, Gabig-Cimińska Magdalena. Modulation of expression of genes involved in glycosaminoglycan metabolism and lysosome biogenesis by flavonoids. Scientific Reports 2015, 5: art. no 9378 (1-13) (doi: 10.1038/srep09378).

  10. Moskot Marta, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Smolińska Elwira, Banecki Bogdan, Węgrzyn Grzegorz, Gabig-Cimińska Magdalena. Activities of genes controlling sphingolipid metabolism in human fibroblasts treated with flavonoids. Metabolic Brain Disease 2015, 30(5): 1257-1267 (doi: 10.1007/s11011-015-9705-x).

  11. Banecka-Majkutewicz Zyta, Grabowski Michał, Kadziński Leszek, Papkov Aliaksei, Węgrzyn Alicja, Banecki Bogdan. Increased levels of antibodies against heat shock proteins in stroke patients. Acta Biochimica Polonica 2014, 61(2): 379-383 (pdf).
  12. Figaj Donata, Giełdon Artur, Polit Agnieszka, Sobiecka-Szkatuła Anna, Koper Tomasz, Denkiewicz Milena, Banecki Bogdan, Lesner Adam, Ciarkowski Jerzy, Lipińska Barbara, Skórko-Glonek Joanna. The la loop as an important regulatory element of the HtrA (DegP) protease from Escherichia coli structural and functional studies. Journal of Biological Chemistry 2014, 289(22): 15880-15893 (doi: 10.1074/jbc.M113.532895).

  13. Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Gabig-Cimińska Magdalena, Banecka-Majkutewicz Zyta, Banecki Bogdan, Węgrzyn Alicja, Węgrzyn Grzegorz. Factors and processes modulating phenotypes in neuronopathic lysosomal storage diseases. Metabolic Brain Disease 2014, 29(1): 1-8 (doi: 10.1007/s11011-013-9455-6).

  14. Siwińska Joanna, Kadziński Leszek, Banasiuk Rafał, Gwizdek-Wiśniewska Anna, Olry Alexandre, Banecki Bogdan, Łojkowska Ewa, Ihnatowicz Anna. Identification of QTL affecting scopolin and scopoletin biosynthesis in Arabidopsis thalianaBMC Plant Biology 2014przyjęta do druku (doi: 10.1186/s12870-014-0280-9).

  15. Banecka-Majkutewicz Zyta, Sawuła Wojciech, Kadziński Leszek, Węgrzyn Alicja, Banecki Bogdan. Homocysteine, heat shock proteins, genistein and vitamins in ischemic stroke - pathogenic and therapeutic implications. Acta Biochimica Polonica 2012, 59(4): 495-499.

  16. Grabowski Michał, Banasiuk Rafał, Węgrzyn Alicja, Kędzierska Barbara, Lica Jan, Banecka-Majkutewicz Zyta, Banecki Bogdan. Role of heat-shock proteins and cobalamine in maintaining methionine synthase activity. Acta Biochimica Polonica 2012, 59(4): 489-493.

  17. Sznarkowska A., Maleńczyk K., Kadziński L., Bielawski K. P., Banecki B., Zawacka-Pankau J. Targeting of p53 and its homolog p73 by protoporphyrin IX. FEBS Letters 2011, 585(1): 255-260.

  18. Ferens B., Kawiak A., Banecki B., Bielawski K. P., Zawacka-Pankau J. Aberration of the enzymatic activity of Fhit tumor suppressor protein enhances cancer cell death upon photodynamic therapy similarly to that driven by wild-type Fhit. Cancer Letters 2009, 280(1): 101-109.

  19. Mrozek J., Lewandowska A., Guzow K., Malicka J., Banecki B., Wiczk W. Influence of Dab2 and Pro3 configuration of [Leu]-enkephalins on the interactions with β-cyclodextrin studied by fluorescence spectroscopy, microcalorimetry and 1H NMR spectroscopy. Journal of Inclusion Phenomena and Macrocyclic Chemistry 2009, 65(3-4): 361-375.

  20. Sawuła W., Banecka-Majkutewicz Z., Kadziński L., Jakóbkiewicz-Banecka J., Węgrzyn G., Nyka W., Banecki B. Homocysteine level and metabolism in ischemic stroke in the population of Northern Poland. Clinical Biochemistry 2009, 42(6): 442-447.

PATENTY / ZGŁOSZENIA PATENTOWE

  1. Sposób ekstrakcji sulfonamidów, metabolitów wtórnych lub związków półsyntetycznych. Zgłoszenie patentowe (UP RP) nr 402299 z dnia 2012-12-28. Twrócy: Banecki Bogdan, Banasiuk Rafał, Kadziński Leszek, Jakóbkiewicz-Banecka Joanna, Węgrzyn Grzegorz. Zgłaszający: TCI (Gdańsk), Uniwersytet Gdański.

NAGRODY I WYRÓŻNIENIA

Prof. UG, dr hab. Bogdan Banecki był członkiem zespołu, który w roku 1994 uzyskał nagrodę zespołową Ministra Edukacji Narodowej za osiągnięcia naukowe, a w roku 1996 otrzymał stypendium START FNP. Bogdan Banecki jest promotorem jednej zakończonej rozprawy doktorskiej, której autorem jest Wojciech Sawuła (2009).

Imię i nazwisko Nazwa nagrody Przyznający Rok
prof. UG, dr hab. Bogdan Banecki Nagroda „Primum Cooperatio” przyznawana jest naukowcowi, który swoim działaniem udowodnił, że możliwa jest efektywna współpraca obu środowisk przynosząca wymierne korzyści gospodarce i nauce.  Pracodawcy Pomorza 2017
prof. UG, dr hab. Bogdan Banecki Medal Komisji Edukacji Narodowej Ministerstwo Edukacji Narodowej 2009

WSPÓŁPRACA NAUKOWA

We współpracy z Katedrą Neurologii Dorosłych Wydziału Lekarskiego GUMed badane są funkcje genów MTHFR i CBS w powstawaniu hyperhomocysteinemii w aspekcie terapii i profilaktyki chorych z udarem niedokrwiennym mózgu. Czynnikiem ryzyka wystąpienia udarów naczyniowych, w tym udaru mózgowego jest hyperhomocysteinemia, czyli podwyższony poziom homocysteiny we krwi. Celem badań jest opisanie mechanizmu działania homocysteiny w organizmie. Ze wstępnych doświadczeń wynika, że białka szoku termicznego istotnie modyfikują aktywność enzymu MTHFR. Prawdopodobnie białka te mogą kompensować obecność mutacji w genie warunkującym biosyntezę tego enzymu. Fakt ten może mieć istotne znaczenie dla całego organizmu. Odtworzony w warunkach in vitro układ enzymatyczny otworzy drogę do testowania wpływu nowych pochodnych kofaktorów na aktywność MTHFR.
We współpracy z Katedrą Chemii Fizycznej GUMed zespół prowadzi badania nad skutkami ubocznymi stosowania implantów silikonowych określając wpływ liniowych i cyklicznych polisiloksanów na stabilność i strukturę białek. Odpowiedzialne za toksyczne działanie silikonów są prawdopodobnie małocząsteczkowe siloksany. Polimery małocząsteczkowe mogę być obecne w implantach, jako pozostałości (niepełna polimeryzacja) lub jako produkty biodegradacji. Celem prowadzonych badań jest scharakteryzowanie oddziaływania liniowych i cyklicznych niskocząsteczkowych polimetylosiloksanów z białkami. Przeprowadzone dotychczas badania wskazują na istotne powinowactwo silikonów do fibrynogenu oraz kolagenu, fakt ten może mieć istotne znaczenie w powstawaniu powikłań klinicznych przy stosowaniu implantów.
Pracownia współpracuje również z Pomorskim Parkiem Naukowo Technologicznym w Gdyni w zakresie zastosowań praktycznych chromatograficznych metod kontroli jakości oraz walidacji metod analitycznych.